地方府州县学只是培育人才之所，生员入仕的途径，主要还是通过科举考试。洪武三年（1370）五月，明朝始开设科举，“使中外文臣皆由科举而选，非科举者，毋得与官”，并令连试三年。与此同时，颁行《科举条格》，对乡试、会试的时间，应试资格，考试内容，录取额数，出身及科场禁例都作了具体而明确的规定。同年在南京及各省举行乡试。考试分三场，初场试“五经”义二道及“四书”义一道。第二场试论一道，第三场试策一道。中式后十日举行复试，科目是骑、射、书、算、律五科。洪武四年（1371）二月，各地举人在京师举行会试，取中进士一百二十人，分别授官。
各省连续实行三年后，效果并不理想。朱元璋曾一度罢科举，改行察举。直到洪武十五年（1382）八月复设。洪武十七年（1384）三月，礼部颁行《科举成式》，遂为永制。府州县学先举行县考，中式者为秀才。每三年举行一次省试，即乡试，逢子、午、卯、酉年八月在省直举行，中式者为举人，第一名称解元。举人可参加京师举行的会试，又称甲科，由礼部主持，逢辰、戌、丑、未年二月在京举行，会试第一名称会元。会试中式者才有资格参加皇帝主持的最高考试，称作廷试或殿试，考中者为进士。进士分三甲，一甲三名，状元、榜眼、探花，资格为赐进士及第；二甲若干人，赐进士出身；三甲若干人，赐同进士出身。进士皆由朝廷授官。状元授翰林院修撰，榜眼、探花授编修。二甲考选庶吉士皆为翰林官，其余授给事中、御史、六部主事、内阁中书、行人、太常、国子监博士，或授府推官、知州、知县等官。
明初科举考试的程序和办法，大体上都是沿袭元代科举的旧制，规定八股文取士，专取“四书”、“五经”命题，以朱熹集注为依据，考试经义、策等。在明代会试取士中，又有南北卷之分。洪武三十年（1397）会试，考官刘三吾、白信蹈所取五十二人皆南士，引发“南、北榜案”。至洪熙元年（1425），仁宗命杨士奇等定会试南、北卷，规定比例为南人十之六，北人十之四。宣德、正统年间，又分南、北、中卷，“以百人为率，则南取五十五名，北取三十五名，中取十名”。后来，虽在比例上有所增减，但其制不变。
与文科取士并行的武举也得以建立。吴元年（1367）朱元璋诏令设文、武二科取士之后，到洪武二十年（1387），礼部请沿前代旧制，立武学，开武举，朱元璋予以批准。至天顺八年（1464）十月，才逐步系统化。“令天下文武官举通晓兵法、谋勇出众者，各省抚、按、三司，直隶巡按御史考试。中式者，兵部同总兵官于帅府试策略，教场试弓马。答策二道，骑中四矢、步中二矢以上者为中式”。成化十四年（1478）如文科例设武科乡、会试。弘治六年（1493）定武举六年一次，弘治十七年（1504）改定三年一次。嘉靖年间，武举之制多有变化。崇祯四年（1631）始设武举殿试。从武举演变趋势看，是愈来愈与文科试规相一致。
明初官吏的选拔，与学校、科举并用的还有荐举。立国之初，朱元璋以致贤为急，令各地官员荐举人才，上报朝廷，亲自策问，校定优劣，即行除官或送吏部决定任职。洪武六年（1373）诏令暂停科举，改用荐举。荐举科目有贤良方正、孝弟力田、聪明正直、儒士、孝廉、秀才、人才、耆民等科目。存举的实行，可以从社会上广泛吸收人才，补充官吏，在明初官吏铨选中占有相当重要的地位。