太史院，秩正二品，掌天文历数之事。至元十五年，始立院，置太史令等官一员。至大元年，升从二品，设官十员。延祐三年，升正二品，设官十五员。后定置院使五员，正二品；同知二员，正三品；佥院二员，从三品；同佥二员，正四品；院判二员，正五品；经历一员，从五品；都事一员，从七品；管勾一员，从九品；令史三人，译史一人，知印二人，通事一人，宣使二人，典吏二人。
春官正兼夏官正一员，正五品。
秋官正兼冬官正中官正一员，正五品。
保章正五员，正七品。
保章副五员，正八品。
掌历二员，正八品。
腹里印历管勾一员，从九品。
各省司历十二员，正九品。
印历管勾二员，从九品。
灵台郎一员，正七品。
监候六员，从八品。
副监候六员，正九品。
星历生四十四员。
挈壶正一员，从八品。
司辰郎二员，正九品。
灯漏直长一人。
教授一员，从八品。
学正一员，从九品。
校书郎二员，正八品。
太医院，秩正二品，掌医事，制奉御药物，领各属医职。中统元年，置宣差，提点太医院事，给银印。至元二十年，改为尚医监，秩正四品。二十二年，复为太医院，给银印，置提点四员，院使、副使、判官各二员。大德五年，升正二品，设官十六员。十一年，增院使二员。皇庆元年，增院使二员。二年，增院使一员。至治二年，定置院使一十二员，正二品；同知二员，正三品；佥院二员，从三品；同佥二员，正四品；院判二员，正五品；经历二员，从七品；都事二员，从七品；照磨兼承发架阁库一员，正八品；令史八人，译史二人，知印二人，通事二人，宣使七人。
广惠司，秩正三品，掌修制御用回回药物及和剂，以疗诸宿卫士及在京孤寒者。至元七年，始置提举二员。十七年，增置提举一员。延祐六年，升正三品。七年，仍正五品。至治二年，复为正三品，置卿四员，少卿、丞各二员。后定置司卿四员，少卿二员，司丞二员，经历、知事、照磨各一员。
大都、上都回回药物院二，秩从五品，掌回回药事。至元二十九年始置。至治二年，拨隶广惠司，定置达鲁花赤一员、大使二员、副使一员。