对绝大多数人而言，接种疫苗是安全的。不过疫苗毕竟是一种异物，部分儿童因个体差异会在接种部位发生红肿、疼痛、硬结等，或出现发热、全身不适、倦怠、食欲不振、乏力等症状，这些都是预防接种后的一般反应，病情轻微，多在1～2天内自行恢复，只有出现持续高热不退等必要情况时需要就医。极少数儿童在接种后可出现罕见的异常反应，如无菌性脓肿、过敏反应等，病情相对较重，需要及时治疗。另外，如果儿童在接种疫苗时正处于某种疾病的发病前期，或存在某种潜在的疾病，在接种后碰巧发病，被称为"偶合症"，与疫苗本身无关，很容易与接种的不良反应混淆。
为减少不良反应的发生，儿童家长应该在接种前了解接种疫苗的品种、作用、禁忌、不良反应以及注意事项；配合接种人员，提供儿童的健康状况并了解儿童的接种禁忌等情况；接种后，儿童要在接种门诊留观30分钟，一旦出现可疑反应可得到及时处理。