继位和亲政
嘉庆帝，名颙琰，为乾隆帝弘历第五子。生于乾隆二十五年（1760）十月，三十八年被密储为太子，五十四年封嘉亲王，六十年九月正式册立为皇太子，并内禅帝位，以翌年为嘉庆元年。
颙琰自六岁学于兵部侍郎奉宽，从工部侍郎谢墉学今体诗，从侍讲学士朱珪学古文古体诗。在侍学颙琰的名师中，朱珪最得崇信。乾隆四十五年（1780）朱珪赴福建学政任前夕，上五箴于颙琰，“曰养心、曰敬身、曰勤业、曰虚己、曰致诚”，颙琰“力行之”，甚至在亲政后，亦“尝置左右”。少年时期的颙琰，学习成绩颇佳，“英词炳蔚，援笔立就，动成典则”。年长后，尤喜读诸史、通鉴，居然达到“上下三千年，治迹目了然”的程度。
颙琰生长于清代全盛时期的乾隆朝。然而严重的社会危机已现端倪。当颙琰受乾隆帝内禅时，他得到的实际上是一个充满矛盾、危机四伏，日趋衰落的皇朝。嘉庆帝即位时已过而立之年。歌舞升平的“盛世”景象没有使他陶醉，他对于“盛世”下潜伏的种种社会危机有着清醒认识，也十分忧虑。当皇子时他曾随皇父南巡。在杭州，他目睹营伍骑射，但见“射箭箭虚发，驰马人坠地”。他当政之后，犹每每述说此事为戒。可见乾隆时军备废弛的情况给他留下多么深刻的印象。而在即帝位的最初三年中，他不能有所作为。因为乾隆帝虽然禅位，但并未放弃权力，在归政上谕中，他明确宣称：“朕于明年归政后，凡有缮奏事件，俱书太上皇帝”，“军国重务仍奏闻秉训裁决，大事降旨敕”。乾隆帝直至临终前“犹日亲训政，未尝稍辍”。这时的嘉庆帝虽已即位，实际上不过是一个终日侍游宴，“上皇喜则喜，上皇笑亦笑”的傀儡。
嘉庆四年（1799）正月初三日，太上皇乾隆帝病逝，从此，嘉庆帝作为一个真正的皇帝开始行使权力。他在亲政上谕中表示：“嗣后一切政务，悉应仰体皇考圣意”。后来的事实证明，这只不过是官样文章，亲政后的嘉庆帝并不想一切都按既定方针办。
此时，对清朝的统治构成严重威胁的主要来自两个方面。一是内政的弊败，一是内乱的频仍。嘉庆帝在位凡二十五年，实际当政二十二年。在此期间，他一方面大力整饬内政，力图通过对朝政的整肃来遏制走向衰败的趋势，恢复乾隆中期的鼎盛局面，同时又不遗余力地残酷镇压此起彼伏的农民起义。
嘉庆帝对内政的整饬，是从诛和珅着手的。和珅是乾隆帝的宠臣，满门显贵，党羽众多，当政二十年，揽权纳贿，“蠹国病民”，使全国吏治更加腐败，贿赂公行。太上皇病故次日，嘉庆帝即革去和珅军机大臣、九门提督衔，不久，又下和珅于狱，查抄家产，赐令自尽，并惩办了和珅的几个重要党羽，开始了所谓的“咸与维新”局面。
所谓的“咸与维新”
嘉庆帝亲政后，以清除和珅为契机，打出“咸与维新”的旗帜，同时立即从以下几个方面对内政加以整顿。
首先是诏求直言，开通言路。他认为，“求治之道，必期明目达聪，广为谘诹，庶民隐得以周知”。他于亲政之日即颁发谕旨，要求“凡九卿科道有奏事之责者，于用人行政一切事宜，皆得封章密奏，俾民隐得以上闻，庶事不致失理，用付集思广益至意”。四年六月，嘉庆帝又作了“不罪言者”的保证，即所谓：“朕既令人尽言又复以言罪人，岂非诱之言而陷之罪乎。”他盛赞御史曹锡宝，在和珅声势熏灼之际，敢于直言纠劾，特加恩追赠曹锡宝副都御史衔，“以旌直言”。乾隆五十五年（1790）十月，内阁学士尹壮图奏言，各直省仓库多有亏缺，各督抚借词弥补，层层朘削，民生坐困，乾隆帝派员会同尹壮图密往各省盘查。由于各省闻风已事先做好了手脚，结果查无实据，尹壮图以陈奏不实，被革职交刑部治罪。嘉庆帝认为如尹壮图这样的“敢言之臣”应该加以录用，立即命令尹壮图“即行来京候旨擢用”。由于嘉庆帝以实际行动表明了诏求直言、广开言路的决心，所以在嘉庆帝亲政后的一段时间内，出现了“下至末吏平民，皆得封章上达，言路大开”的局面。一时间，不少言官纷纷指陈时弊。嘉庆帝对言官的指陈，其关系国是，切中事宜者，多所采纳，对遭到弹劾的官员，其查证确实者，有所惩治。嘉庆帝对据实上陈，直言无隐的科道官员给予鼓励和擢用。嘉庆四年（1799）九月，河南偃师县民人杨道纯转呈策表，提出除积弊、苏民困以固国本；仓库漕粮，实国之本而弊最大，请降旨严行饬禁等建议。嘉庆帝十分赞赏，他说：“杨道纯以民人而条陈事件……所言皆系地方应办之事。……所陈各项，今次第举行。”他下令，将杨道纯“以从九品未入流，交与直隶总督胡季堂差遣委用，遇有缺出，再行咨补”。
其次，戒除欺隐粉饰之风。当时许多地方官员为了博取皇帝的青睐，往往热衷于歌功颂德、粉饰太平。嘉庆帝力图扭转这种官场作风。他亲政之日，接到浙江巡抚玉德奏报：“甘雨普霑，粮价平减”。他抓住这个奏报，借题发挥说：“此等奏报，不可粉饰，朕总要真知小民疾苦以为教养，汝等大臣，敬志毋忘。”不久，四川布政使林?奏称：川省“得雪，民情安贴。”嘉庆帝深知，“川省连年兵火，民不堪命，哀者赤子待哺嗷嗷”，哪得“民情安贴”？据此他再次告诫各督抚，“朕所望者，惟在汝等此数字切实奏报耳，若仍不以实告，惟务粉饰取悦，则闾阎疾苦从何而知？嗣后不许说假话，以实告，慎志勿忘。”嘉庆帝对一些地方官员讳灾不报的行为尤其深恶痛绝。嘉庆五年一月，云南威远一带水灾严重，井灶、民房、衙署、盐仓皆被冲塌，淹毙男妇三十二名，被灾民灶三千四百余丁口，冲倒房屋一千四百余间。云南巡抚江兰隐匿不报，经嘉庆帝多次查询，并派人查证确实后，仍不据实陈奏，反称被灾地区收成十分丰稔。嘉庆帝认为江兰有意讳灾，纯属“玩视民瘼”，立即将其革职，令其即行回籍。嘉庆帝为此颁发谕旨，严诫督抚讳灾，指出：地方水旱灾害发生后，惟在该督抚及早驰奏，“蠲赈兼施，用苏民困”，如该督抚等匿不上闻，“则小民饥困无依，或致别滋事端”。他严厉要求各督抚在欠收、旱潦成灾时，必须“飞章入告，纤悉无隐”，“若有讳饰，必当严办示惩，江兰即前车之鉴也”。此后，他言出法随，对讳灾不报的地方官员不断给予惩治。
再次，罢贡献，黜奢崇俭。乾隆帝晚年，迷恋声色，官场奢侈腐化之风与日俱增。嘉庆帝亲政后，诏罢贡献，崇俭黜奢，以期改变社会风气。
清朝俗例，凡督抚大臣进京觐见，必呈献贡物，藉此邀宠，京中大吏亦循此例。于是，海内奇珍，充陈内府，阉寺权奸从中渔利。群官竞相奉献，百姓赋税屡加，实为清廷一大弊政。乾隆朝曾两次明令禁止。然而，由于乾隆帝的逸侈，和珅的揽权受贿等诸多原因，煌煌圣训，形同具文。嘉庆帝亲政后，即宣谕严禁贡物：外省备办的各种贡物，“岂皆出自己资？必下而取之州县，而州县又必取之百姓。稍不足数，敲扑随之。以闾阎有限之脂膏，供官吏无穷之朘削，民何以堪？况此等古玩，饥不可食，寒不可衣……朕视之直如粪土也。”同时还下令免除年节呈进如意之例，他认为：“年节王公大臣督抚等所进如意，取兆吉祥，殊觉无谓。诸臣以为如意，而朕观之转不如意也”。他警告诸臣，经此次严谕之后，“有将所禁之物呈进者，即以违制论，决不稍贷”。他得知由新疆叶尔羌采解的大块玉石，运送进京十分艰难，立即下令将“所解玉石，行至何处，即行抛弃，不必前解”。嘉庆七年（1802）和阗采得大玉两块。兴肇等奏请将采玉回户伯克二人赏戴翎顶。嘉庆帝传旨严厉申饬兴肇等人，再次申明：“区区数十斤之玉块，又何足为贵乎？朕所宝者，惟在时和年丰，民安物阜。一切耳目玩好之物，素性实所鄙弃。”他令将大玉或趁例贡附带运京，沿途运送稍有不便，即掷于该处，不必呈进。嘉庆帝当政期间，始终恪守“以粟米布帛为重，不贵珍奇”的信条。
为了遏止奢侈之风，他遵循老师朱珪“君心正而四维张，朝廷清而九牧肃。身先节俭，崇奖清廉，自然盗贼不足平，财用不足阜”的教诲，“躬行俭德为天下先”，企图为各级官员作个榜样。嘉庆四年，林宁奏请捐廉修理盛京夏园行宫，以备嘉庆帝巡幸行围驻跸。他不同意这样做，下令将夏园行宫立即拆卸，以拆卸的木料作修建盛京宫殿之用。十四年，他在为巡幸五台山颁发的谕旨中规定，不准在途中及山上山下设置诸如戏台、杂伎、假山、假亭一切点缀，庙前不准设戏台演戏。他对于过去每当皇帝巡幸时，地方官员于沿途空缺处所用席片搭盖假山涂饰遮蔽，于沿途民间村庄庐舍颓垣陋室曲加粉饰的作法十分厌恶。他以为，当皇帝巡幸路经民间村庄庐舍时，应看到原来的面貌，“完整者可以觇丰盈气象，其颓垣陋室亦可藉以知民生疾苦，正合省方观民之义”。十六年，嘉庆已年满五十，御史景德奏请按例在他的万寿节时，城内演戏设剧十日。嘉庆帝十分不满，降谕训斥，并将景德照溺职例革职，发往盛京派当苦差。同时，嘉庆帝严令各地不许在他寿辰之日广陈戏乐，亦不准办理庆典。各地派京庆寿的督抚及将军、提督，一概不准进献珠玉陈设。嘉庆十七年，山东巡抚同兴奏请兴修行宫。他再次反对，说：“各处行宫均不过一宿而已，所有游廊、山石、山洞、厂亭、水池等项俱停办理。”“若能一处节省三、四万两，十处即三、四十万矣。”嘉庆帝当政二十余年，始终节俭如一。他力图以自己的行动，使海宇渐还昌朴，用心可谓良苦。无奈，他的所作所为并没有感动文武百官，奢侈之风历嘉庆朝而有增无已。他在给皇子旻宁的密谕中，痛陈自己无力除却奢侈之风的不能以言之的苦衷。他告诫子孙：“必当力除此弊……后世子孙若能体朕之心，法朕之行，成朕未竟之事，造次无忘不迩声色之谕，即我大清万世、天下臣民之福也。”
又次，力戒怠惰偷安的官风。乾隆中叶以后，吏治的败坏还表现为各级官员的怠惰偷安、萎靡不振，尸禄保位。当时，“政以贿成，人无远志，以疲软为仁慈，以玩惕为风雅，徒博宽大之名，以行狥庇之实”。各部院衙门，“诸臣全身保位者多，为国除弊者少；苟且塞责者多，直言陈事者少。甚至问一事则推诿于属员。自言堂官不如司官，司官不如书吏”。各督抚，“或于应办事件藉口行查，经年累月尚未完结，其废弛积习犹为牢不可破”。嘉庆帝视各级官员的怠惰疲玩、萎靡不振为国家之隐忧。他当政期间，身体力行，“一日万机，罔敢暇逸”。“勤求治理，惟日孜孜”。对于政务，即便是耽搁一、两日也不允许。嘉庆十三年（1808）四月二十一日，初得皇长孙，内阁因此二十二、二十三两日均未进呈刑名本章，嘉庆帝立即传旨申饬，指出，一日万机，不容稍怠，政务殷繁，不容稍有旷误，“似此积压频仍，势必渐形丛脞”。嘉庆十一年八月，直隶布政使庆格具奏，揭出司书王丽南等私雕假印、舞弊营私的情况。嘉庆帝闻悉，令协办大学士费淳、尚书长麟驰驿往查。九月，费淳等调查结束，查明自嘉庆元年起至十一年，地丁、耗羡、杂款项下俱有虚收虚抵重领冒支等弊，计有二十四个州县共侵盗银三十一万六百余两。查清直隶官员司书串通舞弊案，使嘉庆帝十分震惊。自清朝开国以来，还从未发生过身任州县，与胥吏勾连一气，侵盗如此巨大银两的事！其作案手段的恶劣，州县官吏的目无法纪，肆无忌惮，实在到了令人吃惊的地步。嘉庆帝怒不可遏，迅速将书吏王丽南，州县官陈锡钰等二十余人抵法，查抄其家产。他对直隶历任庸碌无能、凟职失察之督抚，十分痛恨，严词责问直隶历任督抚，对于这样一个历时长久，明目张胆的勾连舞弊事件，竟“懵然不知，竟同木偶，所司何事？”他决心对此案从严加重办理。最后各以其任内虚收数目的多寡，将直隶历任督抚颜检、瞻柱、胡季堂、梁肯堂、陈大文等分别治罪。
镇压川楚陕白莲教起义
嘉庆帝当政期间，一方面对内政作了有限的整饬，同时又加紧对蓬勃兴起的农民起义进行镇压。
乾隆中叶以后，随着社会阶级矛盾的激化，农民起义也不断激发。嘉庆元年（1796），爆发了震撼全国的川、楚、陕农民大起义。已经退位仍手握重权的太上皇乾隆帝，立即调兵遣将，围追堵截，然而，劳师数年，糜饷数千万，结果是“良民不得已从贼，日以浸多，奔驱三载，不能自拔者数逾十万”。起义由湖北发展到河南、陕西、四川三省地区。嘉庆帝亲政后，毫不迟疑地把镇压方兴未艾的农民起义作为最紧迫的政务，摆到了议事日程的首位。
嘉庆四年正月初四，即他亲政第二天，便命军机大臣传谕四川、湖北、陕西督抚、带兵大臣将领等，指斥他们“奏报粉饰，掩败为功”。严令他们“戮力同心，刻期灭贼”，警告他们：“有仍欺玩者，朕惟以军法从事”。
此后，嘉庆帝实行一系列新政策，采取各种措施，加强了对农民起义的镇压。首先是清除军中积弊。嘉庆帝认为，川、楚、陕农民起义，历经三载，尚未荡平，完全是因为和珅当政时“压搁军报，有心欺隐，各路军营，听其意指，虚报首级，坐冒军粮，以致军务日久未竣，贻误军国”。和珅伏诛后，他多次警告营中带兵各大员，过去皆以和珅为可恃，只图迎合钻营，并不以军事为重，现在和珅已被惩办，失所依恃，向来掩饰虚捏之技已穷，就应该“勉力蒇功，若再不力加悛改，奋发有为，督率将领等设法兜截，速擒各首逆，则军律具在”。他大力整顿督抚将领冒功侵饷问题。自嘉庆元年至四年，已耗费军饷七千余万两，然而，“兵丁衣服褴褛，几同乞丐”。成千上万的军饷，或被诸将领克扣侵吞，故“军营中酒肉声歌，相为娱乐”，或被馈送转赠，或被浮冒开销，以弥补过去亏损，军营竟成为统兵将领及地方官员发财致富的渊薮。于是，在京谙达、侍卫、章京，无不营求赴军，那些自军中而归者，“无不营置田产，顿成殷富”。嘉庆帝认为，这种军营积弊，使得将吏“日以玩兵养寇为事”，军营大员“藉剿贼为名，稽延时日，不愿蒇事”，决心大加整饬。嘉庆四年十一月，以襄阳道胡齐崙经手湖北襄阳局军需，私扣银至二万九千余两，任情馈送，嘉庆帝将其处死籍没。对于“公然提用军需正项，信任胡齐崙一人经理，恣意侵扣，实为首先作俑”的已故湖广总督毕沅，革其子世袭职，对受贿的明亮、永保、庆成、鄂辉等领兵大员皆籍没其家。在处理湖北冒功侵饷案件时，他又派员严核四川军需虚实，“务使领兵各员无利可图，方能专心剿贼，以冀速蒇大功”。他制定了“令各路粮台按旬开报，按月汇奏”的办法，使军饷支用的混乱情况有所纠正。
针对各路军营无所统属，将领各怀自私自利之心，争功诿过之事不断发生的情况，他授原总统四川军务的勒保为经略大臣，赐以印信，规定所有各路带兵大臣及陕西、湖北、河南督抚等悉受节制，“以一事权”。为了赋予勒保更大的权威，嘉庆帝给予勒保“一面拿究，一面具奏”不遵军令贻误重大军情者的特权，同时，又授明亮、额勒登保为参赞大臣，“别领官军，各当一路”。
勒保制定了先筹川陕的用兵计划，坐镇四川，督率多路清兵，对起义军围追堵截。然而时过半载，据副都统福宁奏称：“贼以胁从而日增……据川东北各府厅州县禀报，多者万余，少者数千，其不知首逆姓名者，尚不知凡几，新起之贼实多于剿除之数。”这说明，起义军不但没有被消灭，声势反而越来越大。嘉庆帝迁怒于勒保，于同年七月，以“经略半载，莫展一筹”等罪名，将勒保逮问治罪，其经略事务以将军明亮代之。不久，又以明亮行动迟延，将其免职。以都统额勒登保代之。
额勒登保系清军中一员悍将，在清廷镇压苗民及川、楚、陕农民起义中，“战绩为诸军最”。他注重军纪，其军行经之地，民间竟能“无不安堵欢迎”。特别是他自律甚严，胡齐崙一案，督抚将帅皆受其赠，独额勒登保未受其馈，故被嘉庆帝选择为经略大臣。
清廷耗帑数千万，经历数载而不能消灭起义军，究其原因，撇开起义军本身的原因不谈，这与清军各路将领及地方大员推诿塞责、畏缩避战有很大关系。他们或者虚张声势，将义军逐出管辖地段，而后粉饰奏报以塞责，或者以绕截为名，远远避开农民军的锋芒，而是以逐日向朝廷奏报起义军的行踪为事。当时流传的“贼至兵无影，兵来贼没踪，可怜兵与贼，何日得相逢”说法，正是清军将领和地方大员畏缩避战的真实写照。河南巡抚景安尤其突出。他领兵驻扎南阳一带，任务是堵截湖北起义军进入河南，然而，他惟知远避尾随，从未和起义军正面交战，人皆呼之为“迎送伯”。嘉庆帝在确定了统兵大员之后，立即着手去贪惩懦，对围剿不力的将吏加以惩处，以永保“纵贼”湖北，景安“纵贼”河南，宜绵、秦承恩“纵贼”陕西，英善、勒保“纵贼”四川，惠龄“纵贼”渡汉江的罪名，将景安、永保逮交刑部，拟重辟，秦承恩、宜绵遣戍伊犁，英善驻防西藏，惠龄降级调用。他又针对各地官员“皆自顾疆域，以逐出为邀功，从不肯实力痛剿”的行为，借严惩之机，进一步明确了各省将吏防守围剿之责，“责成各督抚将帅，各歼贼本境。倘有逸出邻境者，即治以“纵贼之罪，其邻省边备不严者，即治以疏防之罪。”
清廷镇压农民起义历久不能奏效的事实，使嘉庆帝认识到“诛之不可胜诛”的道理。他决定改变乾隆帝所实行的单纯军事围剿政策，采取“除著名各首逆自当悉数歼擒、断难宽宥外，其余逼迫附和之众，若有临阵投降，悔罪乞命者，不妨剿抚兼施，以期解散贼党”的新政策。嘉庆四年正月，他诏谕天下，宣称：“各路贼队中之良民，如有能缚献贼首，悔罪立功者，不但宥其前罪，尚可……格外邀恩。否则或潜行散去，或临阵投降，亦必释回乡里，俾安生业。”此后，他采取各种措施，把剿抚兼施政策付诸实施，其中重要的一条就是，优擢良吏，惩办贪官酷吏。他亲政后，立即抓住被清军诱捕解京的起义军首领王三槐供词中 “官逼民反”一句话大做文章。起初，他将义军之起，归诸于和珅的贪婪，在诛灭和珅后的上谕中说：“我国家百数十年来，厚泽深仁……百姓幸际昌期，安土乐业，若非迫于万不得已，焉肯不顾身家，铤而走险。总缘亲民之吏，不能奉宣朝廷德意，多方婪索，竭其脂膏，因而激变至此。然州县之所以剥削小民者，不尽自肥己橐，大半趋奉上司。而督抚大吏之所以勒索属员者，不尽安心贪赎，无非交结和珅，是层层朘削，皆为和珅一人。而无穷之苦累，则我百姓当之，言念及此，能不痛心？”
不久，达州知州戴如煌，老病贪劣，属下民怨沸腾，武昌府同知常丹葵，奉檄查缉时，株连无辜数千人，惨刑勒索，均被逮京治罪。与此同时，一些为官清廉、政声卓著的官员，则被优擢任用。四川广元县知县刘清、巴县知县赵华、渠县知县吴桂，均被越格保荐。事实证明，嘉庆帝之“害民之官必宜去，爱民之官必宜用”的决策，使那些久负清名的官员，在招降抚绥上，起了很重要的作用。广元县知县刘清，被当地百姓呼为“刘清天”，早在嘉庆三年就曾为清廷诱捕了起义军首领王三槐，仅刘清一人，在军七载，即先后“招抚”起义者三万余人。对受抚民人的安置，是剿抚兼施政策成败的关键。嘉庆帝深知，经过历年战火，许多地方室庐焚荡，田亩抛荒，受抚之民“欲返则无所归，即归亦无所食，其势不得不托贼巢为栖身之所，藉盗粮为糊口之资。”这样，势必使招抚成为空谈。为了使“此番安集，即成永远规模”，他命刘清等悉心妥议，对他乡流落者如何资送还农，失所无依者，如何编丁占籍。勒保曾于四川采取了抚恤难民，给资安插的做法，嘉庆帝对此深表赞许，认为这样做，“使民生既获安全，贼党又可解散，为一劳永逸之计”。继而，他又以难民就抚之后，无家可归，无地可种，即官给银两，只能赡给一时，并不能久安生计，在资粮用尽后，无以自存，“势必故智复萌，仍为草窃之事”为忧，提出抚绥三策：“或清查叛产；或量给流亡绝产；或于南山老林垦荒，暂免升科。”四年十月，嘉庆帝得知陕西终南山地区起义军已被镇压，提出将绵延八百余里的终南山山内老林，量加砍伐，其地亩拨给流民自行垦种，并要求根据山内地方形势广狭，或分建县治，或设立厅署，安设营汛，移驻兵弁，加以管束弹压。他以为，这样即可使流民成为土著，各安本业，“有恒产必有恒心”，就可以从根本上解决招徕安抚的问题了。然而，嘉庆帝对起义军的招抚诏谕，并没有发生“闻风踊跃，争先来归”的预期效果。当时的情况是，“虽有招抚之空谈，总未能收解散之实效”。恼羞成怒的嘉庆帝严命各地将吏“必能剿而后可以言抚”，如若起义人员拒降，则“惟有痛加剿杀，刬尽根株”。
在嘉庆帝为平定白莲教起义实行的各项政策中，其中最为毒辣的要数寨堡团练的坚壁清野政策。所谓“坚壁清野”，即并小村入大村，移平处就险处，深沟高垒，积谷缮兵，移百姓所有积聚，“实于其中。贼未至则力农、贸易，各安其生。贼至则闭栅登陴，相与为守”。这种政策的实行，始于川、楚、陕农民起义初起时。当时一些地方将吏，针对起义军流动作战，随时随地得到人民的支持，而清军疲于奔命，不能有效地镇压起义军的情况，于湖北襄阳孝感的一些村市和长江沿岸的一些城镇修筑堡寨，取得成效。嘉庆二年将军明亮上书朝廷，请令于农民起义军最活跃的州县修筑堡寨，实行坚壁清野之策，但没有得乾隆帝的批准。嘉庆帝亲政后，历经数月，经多方调整调度，仍不能置起义军于死地，遂广为推行坚壁清野政策。四年六月，他根据湖北孝感随州寨堡团练、坚壁清野的经验，肯定这是镇压农民起义的“良策”，命经略勒保等，于川、陕、河南等省各处，仿照办理。同年七月，额勒登保继任经略后，首先于川东、川北各地“扼险筑寨，大者数千人，亦数百家，团练守御。”凡起义军“所至俱有堡寨，星罗棋布”。额勒登保又令陕、楚“晓谕修筑”。额勒登保大力推行堡寨团练，受到嘉庆帝嘉奖，令各地从速推行。继而那彦成、松筠、台布、长麟推行于陕甘，而后书麟、吴熊光行之于湖北。“先后三四载，堡寨告成”。嘉庆五年，由于川东、川北堡寨团练的推行，起义军的活动遇到了极大困难，他们被迫离开川省，转战陕甘。嘉庆帝指斥陕甘督抚推行堡寨团勇不力，明确规定：“自后以剿捕责成领兵将帅，而团练守御则责成督抚”，严令“陕甘、湖广督抚严饬所属：山地则扼险结寨，平地则掘壕筑堡。其团练防守有效者保奏，违者罪之”。面对起义军不断发展壮大的现实，他深感八旗、绿营及所募散勇之不得力，亦感兵力不敷调用，于是，在极力推广“扼险筑寨”、“掘壕筑堡”时，提倡团练乡勇，企图节省养疲兵、募散勇之资，收事半功倍之效，命令各省督抚“聚集壮健，结队保守，贼至则合力迎御，贼去则仍安生业。”为了提高乡勇的战斗力，后来他又要求各地对乡勇“勤加操练”，“团而不散”。为了刺激乡勇头目更积极地为清皇朝效力，他力改军营中“临阵辄令乡勇居前，绿营兵次之，满兵、吉林、索伦又次之。……及战胜，则后队弁兵又攘以为功，而冲锋陷阵之乡勇反不得与”的情况，令各地将吏“嗣后乡勇有功，一例保奏，阵亡一例议恤”。 “寨堡团练”的坚壁清野政策，给川、楚、陕白莲教大起义带来严重影响，极大地削弱了起义军赖以纵横驰骋、机动灵活地打击敌人的基础。因为它割断了起义军与广大贫苦农民的密切联系，使起义军在人员的补充、粮秣的供给等方面产生了极大的困难。而各地乡勇、团勇或为清军查询道路，递送情报，成为清军耳目；或“百十成群，乘夜劫营”，成为清军的别动队。起义军处处遭受打击，日夜不得安宁。自坚壁清野政策实行后，白莲教大起义高涨的形势急转直下，“五年以前，贼势之炽者，以其到处裹人，胁从日众，抢掠民食，因粮于我也。自堡寨之议行，民尽依险结寨，平原之地，亦挖壕筑堡，牲畜粮米，尽皆收藏其中，探有贼信，民归寨堡，凭险据守。贼至，无人可裹，无粮可掠，贼势自衰矣”。由此足见坚壁清野对川、楚、陕白莲教大起义的巨大影响。
嘉庆帝亲政后实行的一系列新政策，使起义军受到严重挫折。嘉庆五年下半年，许多著名的起义军领袖相继被捕或战死，义军不得不向川、楚、陕三省交界处的南山、巴山老林处转移，依托巴山老林坚持斗争。嘉庆六年二月，列名悬赏起义军领袖徐天德、王廷诏、高二（即高天升）、马五（即马学礼）、高三（即高天德）等。此时，经略额勒登保、参赞德楞泰又率军对起义军实行分路围剿，起义军面临的局势更加险恶。不久，王廷诏被俘，接着徐天德、马学礼、高天德等人或战死，或被俘。至嘉庆六年六月，起义军活动的地区仅局限于川、楚、陕三省交界的老林寨堡狭小的地区，人数剧减至二万四千余人。但是，起义军并没有放下武器，他们出没于丛山老林，游击于清军力量薄弱地带，“陕剿急则入川楚，楚剿急则入川陕”。他们前赴后继，“即歼毙首逆，而去一人，复立一人”。为了迅速歼灭起义军，嘉庆六年六月，经略、参赞于陕西平利举行会议，决定由德勒泰由西南逼攻，额勒登保由东北邀击，会剿于三省交界处。德勒泰在围剿中，分选兵勇，冒起义军服色、旗号，使用受招抚的起义军为向导，“或佯与合队，或趁夜袭营”。起义军被内外夹攻，损失更为惨重。至嘉庆六年十月，起义军仅余一万多人。急于求胜的嘉庆帝限令于六年冬将起义军悉数歼灭。但是，这个计划并没有实现。嘉庆七年正月，活动于川北的起义军领袖苟文明联合其他零散队伍，积聚二千余人，渡嘉陵江上游之略阳河进入川东。自认已稳操胜券的嘉庆帝因劳师糜饷、旷日持久不能成功而大动肝火，愤而将额勒登保夺爵革翎，七年五月，又将额勒登保革职留任，令其“遍访将士，献擒渠之计。并悬重赏赐募。……限六月内灭贼”。在清军全力压迫下，至七年十一月，起义军的著名领袖大部分已战死和被俘，零星起义军千余人只能分散活动于丛林中。嘉庆七年十二月，经略、参赞会同川督、陕督、湖督，以大功勘定，用黄布朱里折六百里驰奏，嘉庆帝立即“祭告裕陵，宣示中外”，论功行赏，大封领兵将帅、地方大吏。他虽以大功底定宣示中外，并没有立即撤兵罢战。他深明“一贼不尽，皆可滋蔓”的历史教训，指示经略、参赞“毋遽来京”，诸帅亦屯兵险要，穷追残存的起义军。至嘉庆八年七月，额勒登保等奏报三省肃清，大批清军开始撤离。不久，起义军余部趁清军纷纷撤离之机，突出老林，四出活动，而大批被裁撤乡勇与起义军的联合，使已濒临失败的白莲教大起义大有重振雄威的势头。这时，起义军人数虽不多，然而，他们皆历经百战之余，有丰富的经验，且“具悉官军号令及老林径路，忽陕忽川，忽聚忽散”，而清军“分军遏之则不利，大队趋之则兔脱，仅余二、三百贼，而三省不得解严”。地方大员一时束手无策。九年，嘉庆帝只好再次派遣还朝不久的额勒登保以钦差大臣赴陕，会同德勒泰再次围剿起义军。直至九年九月，各路皆报肃清。但是，即使在此后，起义军余部的活动仍在进行。嘉庆十年五月，起义军的最后一个领导者王世贵牺牲，标志着起义的最后失败。
历时九年，遍及五省的白莲教农民大起义被残酷地镇压下去了。嘉庆帝为了镇压起义，先后调集了十六个省的兵力，耗费白银二万万两，相当于清政府五年财政收入的总和。清政府在镇压起义军时，被击毙的一、二品高级将领二十多人，副将、参将以下军官四百多人。清政府的武装力量因而受到极大削弱。从此，这个皇朝走向衰落的趋势益发不可遏止。
嘉庆帝竭尽全力刚刚把白莲教大起义镇压下去，东南海疆警报迭起。福建同安人蔡牵领导的起义军，自嘉庆五年（1800）即发难于闽浙沿海，力量日益壮大。嘉庆九年起义军连■八十余艘，进入福建沿海。冬，蔡牵聚集战船百余艘率众二万有余进攻台湾，自号镇海王。这时，白莲教起义已被镇压，嘉庆帝立即增强了对蔡牵起义军的镇压，至嘉庆十五年二月，蔡牵领导的东南沿海人民起义最后失败。
东南海疆的警报刚刚解除，嘉庆十八年（1813），对清朝造成更大政治威胁的林清、李文成领导的天理教农民起义又爆发了。嘉庆十八年九月初七日，三千名起义军攻破河南滑县县城，杀死知县强克捷，于狱中救出李文成，并推他为起义领袖。直隶之长垣、东明，山东之曹州、定陶、金乡等地农民纷起响应，杀官围城，势如烈火。与此同时，变生肘腋，祸起萧墙。九月十五日，由林清组织的京畿附近的天理教农民起义军二百多人，由宣武门潜入内城，其中八十多名起义军突入禁门，至大内。当时，嘉庆帝正在热河行围。变起，宫内一片惊慌。留京王大臣率禁兵至，突入大内的起义军势孤力单陷于失败。嘉庆帝得到消息，惊恐万分。十七日下诏罪己，谴责诸臣“因循怠玩”，“致酿成汉唐、宋明未有之事”。谕令新任步军统领英和于京城及近畿大肆搜捕，“其三品以下官员以及军民铺户人等俱著逐户挨查，除妇女不查外，丁男按名点验”。同日，林清于北京郊区的黄村被捕。十九日嘉庆帝还宫，在瀛台亲讯林清及内应太监，“皆磔之，传首畿内”。在大力捕杀近畿农民起义军的同时，他重新大规模调兵遣将，布置对直、鲁、豫农民起义的围剿。十九年正月，在清军围剿中，天理教农民起义失败。
嘉庆一朝，人民的反抗斗争几乎没有停止过。嘉庆帝虽然把农民起义血腥镇压下去了，但是在农民起义的不断的沉重打击下，嘉庆帝统治的皇朝变得虚弱、精疲力尽。
抑制英国入侵 严禁鸦片输入
嘉庆帝在当政的二十多年中，除了着力于内政的整饬和全力扑灭农民起义而外，由于西方资本主义势力的东侵，他也不得不处理棘手的同资本主义国家的关系问题。
嘉庆十年（1805），英国“护货兵船四只来广”，并带来英王书信，信中表示要以兵力“帮同缉捕”起义军。嘉庆帝对英国此举表现了高度的警惕，谕令粤督倭什布严密防范：“护货兵船向来必有湾泊处所，总当循照旧规，勿令任意越进为要。”他又命即将到任的粤督那彦成，“修明武备，整顿营伍……以慑外夷而靖海疆”。至于英王文书中表示的以“兵力帮同缉捕”起义军的意向，他明智地加以拒绝，表示：“海洋地面，番舶往来，原应内地官兵实力查缉，焉有借助外藩消除奸匪之理？”嘉庆十三年九月，英国又借口帮助澳门葡人抵御法国，将带有炮械火药的兵船四只湾泊香山县属鸡颈洋面，英兵三百名，公然于澳门登陆，占据澳门东西炮台。后来，英舰见广州毫无准备，竟将兵船驶进澳门，停泊黄埔，又驾坐三板船至省城外，总兵黄飞鹏开炮轰毙英兵一名，伤三名，英军被迫陆续撤退。嘉庆帝接到奏报十分重视。为此，他严正声明，葡人与法人互相争杀，是它们之间的事，“中国并不过问”。但是，“中国外藩自有一定疆界，试思中国兵船从无远涉外洋，向尔国地方屯扎之事，而尔国兵船辄敢驶进澳门登岸居住，冒昧已极！”他一针见血地揭露英国入侵的目的说：帮护葡人也好，效力“天朝”也好，统统不过是借口，究其真实动机不过是“尔国夷人见西洋人在澳门贸易，趁其微弱之时，意图占住”。他严正警告英国侵略者：“即速撤兵开帆”，“若再有延挨，不遵法度，则不但目前停止开舱，一而即当封禁进澳水路”，“并当调集大兵前来围捕”。同时，他又以五百里的特急谕令，命粤督吴熊光：“边疆重地，外夷竟敢心存觊觎，饰词尝试，不可稍示以弱。”“当密速调派得力将弁，统领水陆官兵，整顿豫备，一有不遵，竟当统兵剿办，不可畏葸姑息，此事于边务夷情，大有关系。”而粤督吴熊光、粤抚孙玉庭“唯鳃鳃于数十万税银，往复筹计，其于防备机宜，全未办及。”他申斥吴熊光、孙玉庭“懦弱不知大体”。他认为，一个国家的边防重地“任令外夷带兵阑入，占据炮台，视为无关紧要，不知有何事大于此事者？”嘉庆帝将严重失职的吴熊光革职，并于十四年三月将其遣戍伊犁，孙玉庭革职罢归。英国侵略者面对戒备森严的广东海防，只好“开帆远去”。十四年，贸易季节来临时，嘉庆帝指示粤督百龄：英吉利“素性强横诡诈”，“于本年该国货船到时，先期留心侦探，如再敢多带夷兵欲图进口，即行调集官兵相机堵剿。”以上情况表明，嘉庆帝对来自西方的侵略者保持了高度的警惕，实行了坚定明确的抵御政策。
其后，英国护货兵船仍不遵定制，不仅不停泊外洋，有时甚至将兵船驶至虎门。十九年二月，嘉庆帝令粤督蒋攸铦：“嗣后所有各国护货兵船仍遵旧制，不准驶近内洋。货船出口亦不许逗留，如敢阑入境地，即严加驱逐，傥敢抗拒，即行施放枪炮，慑以兵威。”同年，他批准了蒋廷铦提出的防闲策，对中外贸易交往作了以下规定：严禁民人私为夷人服役；洋行不得搭盖夷式房屋；铺户不得用夷字店号；清查商欠不得滥保身家浅薄之人承充洋商；不准内地民人私往夷馆。在加强广东方面防备的同时，对居住京师的外国人也加强了管理。当时，在京师充当钦天监监正、监副，以及在内阁充当翻译的外国人计十一人。十六年，嘉庆帝饬令其中四人回国，对仍居留京师的七人，采取措施对他们的行动加以限制。这些防范措施，是在英国兵船屡犯广东之后采取的，因而具有正当的防卫性质。
对于从乾隆朝以来已逐渐成为社会公害的鸦片流毒，嘉庆帝是主张严加禁止的。他对鸦片流毒造成的危害有清醒的认识。嘉庆十五年（1810），广宁门巡役查获身藏鸦片烟六盒入城的杨姓烟贩。嘉庆帝在谕令中指出：“鸦片烟性最酷烈，食此者能骤长精神，恣其所欲，久之遂致戕贼躯命，大为风俗人心之害。”他根据当时“嗜食者颇多，奸商牟利贩卖接踵而来”的严重情况，采取一系列严厉措施加以禁止。嘉庆十五年三月，为严断鸦片流入京城，除令崇文门税务机构于所属口岸稽察外，他又令“步军统领五城御史于各门禁严密访查，一有缉获，即当按律惩治，并将其烟物毁弃”。为社弊清源，他命闽、粤督抚“关差查禁”，“毋得视为具文，任其偷漏”。嘉庆十六年，钱楷在上书中提出：“外洋鸦片烟入中国，奸商巧为夹带”，“请饬闽粤各关监督并近海督抚，严督关员盘检，按律加等究办。内地货卖一经发觉，穷究买自何人，来从何处，不得含糊搪塞，将失察偷漏监督、委员及地方官一体参处，务使来源尽绝，流弊自除”。嘉庆帝采纳了钱楷的建议，谕令沿海督抚认真察办。十八年七月，他“申禁私贩鸦片烟，定官民服食者罪”。二十年，粤督蒋攸铦等“请于西洋货船到澳门时先行查验，并明立赏罚”，嘉庆帝立即准其实行。他在批复中指出：“鸦片烟一项流毒甚炽，多由夷船夹带而来，嗣后西洋货船至澳门时，自应按船查验，杜绝来源。”此外，嘉庆对外商偷运白银出洋问题亦高度重视。十九年，苏勒额奏称：洋商每年将内地足色银两私运出洋，复将低潮洋钱运进中国，任意欺蒙商贾，以致内地银两渐形短绌，请严加禁止白银出洋。嘉庆帝认识到，若将内地银两每年偷运出洋百数十万，岁积月累，于国计民生均有关系，命令粤督立即查明每年洋商偷运白银出洋的实数，订立章程，严密禁止。嘉庆帝对鸦片的严厉禁止，在当时是具有积极意义的，它对道光朝的禁烟运动也产生了深远的影响。
嘉庆二十五年（1820）七月，嘉庆帝在西部边陲不断传来的张格尔叛乱的报警声中，黯然病逝于避暑山庄，享年六十一岁。葬昌陵，庙号仁宗。