天启、崇祯间，随着明朝政治的日益腐败，经济剥削的苛重，社会矛盾益趋激化，各地农民起义再度兴起，最终推翻了明朝的腐朽统治，为一个新的皇朝的诞生，铺平了道路。
徐鸿儒、于弘志的白莲教起义
明末以秘密宗教组织的民众反抗斗争，迅速发展。万历年间，蓟州人王森传播白莲教，自称闻香教主，其教徒遍布北南直隶、山东、山西、河南、陕西、四川等省。万历四十二年（1614），王森在京师传教时被捕，死于狱中。之后，其弟子巨野人徐鸿儒继续组织白莲教，信徒不下二百万。天启二年（1622），他联合景州（今河北景县）于弘志、曹州（今山东曹县）张世佩等，图谋起义，并约定中秋起兵。但因计划泄露，遂于五月先期发动。当地农民“多携持妇子，牵牛驾车，裹粮橐饭，争趋赴之”。徐鸿儒自称中兴福烈帝，改年号为大乘兴胜元年。起义军很快攻克了郓城、邹县、滕县、峄县，“众至数万”，屡败官军。其时，于弘志在河北武邑、枣强、衡水等地起兵响应。又有刘永明聚众二万人，不久与徐鸿儒队伍汇合，起义声势大振。他们计划“南通徐淮、陈、颍、蕲、黄，中截粮运，北达神京，为帝为王”。经过半年多的战斗，十一月，徐鸿儒被部下出卖，在邹县被捕押至京城杀害。徐鸿儒起义被镇压下去。
陕北农民起义的崛起
明末的农民大起义是从陕西开始的。天启七年（1627），陕北灾荒严重，澄城县知县张斗耀不顾人民死活，“催科甚酷，民不堪其毒”。二月十五日，白水王二率饥民冲进县衙，杀死知县。之后，各地农民、饥民纷纷响应。
崇祯元年（1628），府谷王嘉胤、宜川王左挂、安塞高迎祥、汉南王大梁等，相继举起义旗。其后，陕西三边固原、延绥的饥兵也纷纷哗变。那些被裁减而无法生活的驿卒，也揭竿而起。从崇祯元年至三年间，各地暴动此伏彼起，势若燎原烈火。最初，各支农民起义虽发展迅速，但彼此之间缺乏联系，一般都各自为战。崇祯三年以后，农民起义已波及到陕西几十个县，甚至还扩展到山西，参加起义的人数也越来越多，并且各部渐有了“小并为大”的联合趋势。
农民起义的发展，引起了明廷的重视。于是，明廷在军事剿杀的同时，采纳了陕西三边总督杨鹤的招抚建议，对起义农民开展诱降活动。一时间，陕西境内的起义农民相继接受招安。但是，明廷的招抚政策只不过是伺机镇压农民起义的一个手段，并不是真正地为民众着想。因此，许多受招抚的起义首领如王左挂、苗登云等惨遭杀害。这就迫使受招安的农民再次起义。杨鹤的主抚政策也以失败告终。明廷于是改变策略，专派陕西三边总督洪承畴前往围剿。留在陕西境内的农民起义队伍受到了很大的打击，余部亦纷纷进入山西。崇祯四年（1631）六月，活跃在山西的王嘉胤在河曲被围长达六个月后，在阳城为部下所杀。之后，王自用联合了高迎祥、李自成、张献忠、马守应等“三十六营，号二十万”。明廷感到问题严重，遂调集重兵在山西加紧围剿。崇祯六年夏，王自用在河南济源中箭身亡。王自用牺牲后，各路起义军拥推高迎祥为首领，并于这年冬季，从豫北渡黄河南下，连陷渑池、伊阳、卢氏三县，进入河南中部和西部，在河南、陕西、四川、湖广等省区交界地带开展活动。
明廷为了遏止农民军的攻势，于崇祯七年（1637）春，命延绥巡抚陈奇瑜任陕西、山西、河南、湖广、四川军务总督，驻郧阳巡抚卢象昇与之配合，以五省兵力围剿农民军。农民军连遭重创，张献忠等奔向商雒，李自成则被包围在汉中兴安的车箱峡。李自成采取伪降手段，摆脱了困境，并立即反戈出击，声威大振。陈奇瑜被削职逮问。十一月，明廷提升洪承畴继任总督山西、陕西、河南、湖广、四川五省军务。洪承畴调集重兵，分兵四路向农民军合围，准备聚歼高迎祥等。结果起义军避实就虚，挺进湖广、河南。崇祯八年正月，农民军在河南再次联合，号称十三家七十二营，“有二三十万之多”。十五日，农民军进抵凤阳，放火烧毁了明皇陵和龙兴寺，“事闻，帝素服哭，遣官告庙，逮漕运都御史杨一鹏弃市，以朱大典代之，大征兵讨贼”。从崇祯八年底到九年上半年，明军与高迎祥的农民军主力展开了激烈的追逐战。明廷任湖广巡抚卢象昇总理直隶、河南、山东、四川、湖广等处军务，“诏（洪）承畴督关中，象昇督关外”。九年正月，高迎祥东下安徽，围攻滁州，旋又进入河南，撤回陕西。七月中旬，高迎祥率部至盩厔县黑水峪，不幸陷入陕西巡抚孙传庭的埋伏，激战四日，战败被俘牺牲，“余众歼散殆尽”。高迎祥死后，西北农民军一度处于低潮，但不久，以李自成、张献忠为首的两大农民军在西北崛起。
张献忠领导的大西军
张献忠，字秉吾，号敬轩，陕西延安柳树涧人，出生于万历三十四年（1606），父务农兼小贩，家境贫寒。幼年时，他曾读过书，青年时落魄无依，常受欺压。崇祯三年（1630）四月，张献忠在延安府米脂县率十八寨之众投奔王嘉胤，号称八大王。崇祯四年六月，王嘉胤被部下杀害，张献忠一度就抚于总督洪承畴，次年再起，“叛入山西”，他与其他农民军首领共推王自用为盟主。张献忠作战勇敢，“临战辄先登，于是众服其勇”。崇祯六年冬，在明军的压迫下，张献忠进入河南，转战陕西、河南、湖广、四川等地。
崇祯八年（1635）正月，起义军十三家大会荥阳。张献忠随高迎祥连破河南、江北诸县，进入安徽，克颍州，破凤阳，烧毁了皇陵。之后，张献忠独自率众东下庐州、舒城，经湖广回到陕西。这年冬天，张献忠又再次出潼关入河南。崇祯九年，张献忠转战在陕西、河南、湖广一带。是年七月，高迎祥被俘牺牲，李自成亦连连受挫，张献忠部遂成为明朝镇压的重点。崇祯十年，张献忠联合老回回马守应等，从河南进入湖广，向襄阳发起进攻，湖广震动。次年春，兵部尚书熊文灿总理南畿、河南、山西、陕西、湖广、四川军务，主张招抚农民军。在孤立无援、明军云集的形势下，正月初九日，张献忠在谷城向熊文灿投降。至此，农民起义进入低潮。
张献忠受抚后，始终保持相对的独立性，“人不散队，械不去身”，加紧操练，积蓄力量。这同时也给了明廷一个暂时喘息、调整的机会。为彻底消灭这支起义军，明朝兵部尚书杨嗣昌制定出“四正六隅十面网”的围剿计划。所谓 “四正”是陕西、河南、湖广、凤阳，“六隅”则是延绥、山西、山东、应天、江西、四川。合“四正六隅”为十面罗网，各有侧重，协同配合，“随贼所向，专任剿杀”。
崇祯十二年（1639）四月，杨嗣昌认为时机成熟，遂与总理五省军务的熊文灿密谋，调集陕西、四川边兵，企图一举消灭张献忠。张献忠遂先发制人，五月于谷城再起。熊文灿以招抚失败，被逮下狱处死。杨嗣昌被迫“自请督师”，赶赴襄阳，以左良玉为主力剿杀。玛瑙山一役，张献忠大败，遂采用“以走致敌”的策略，奋战入川。崇祯十四年，张献忠又挥师东出湖广，一路乘胜直下，二月初占领了襄阳，杀死襄王朱翊铭和贵阳王朱常法，“发银五十万以赈饥民”。杨嗣昌被迫自杀身亡。明朝改派陕西三边总督丁启睿督师追剿张献忠。张献忠在河南信阳战败，率部由豫东入安徽。到崇祯十六年时，张献忠驰骋于鄂、皖之间。
崇祯十六年（1643）五月二十九日，张献忠攻占武昌，沉楚王华奎于西湖，“尽取宫中金银各百万，辇载数百车不尽”，赈济饥民。张献忠占领武昌后，改武昌为都城，正式建立大西政权，铸西王之宝，自称“大西王”。所设官制有中央六部、五府，京城设五城兵马司；地方有巡抚、守道、巡道、学道、知府，知府以下设了二十一个州县的官员，并且开科取士，招揽人才。是年冬，张献忠几乎占据了整个湖南，进而向江西发展。崇祯十七年西进四川。这年六月，一举攻克了重庆，处死了明瑞王朱常浩、四川巡抚陈士奇、重庆知府王行俭等。八月，攻克了成都，蜀王朱至澍及王妃投井自杀。十一月，张献忠以成都为西京，改王称帝，国号大西，定年号为大顺，铸造大顺通宝，设六部五军都督府等官。大西政权在其辖区进行严格的政治控制，整顿吏治，录用明降官和知识分子，注意团结少数民族。没收官绅财产，实行三年免征的赋税政策，并向富商大贾征收钱粮。这些措施，取得了民众的信赖。与李自成领导的起义军遥相呼应。
李自成领导的大顺军
李自成，陕西米脂县人，出身于农民家庭。幼时曾为僧，做过牧羊奴。成年后，充当驿卒，有勇有谋，“能得众”。崇祯三年（1630），李自成在米脂起义，投不沾泥义军。次年，陕西农民军大部进入山西，推王自用为盟主。李自成与其侄李过。“往从迎祥，与献忠等合，号闯将”。六年五月，王自用死后，“其党归闯将，无复称其号”，李自成的队伍得到了发展。次年春，李自成在汉中车箱峡以诈降奇袭明军总督陈奇瑜的合围，声名始著。崇祯八年下半年，李自成率部转战关中，有众三四万人。崇祯十一年潼关之战后，“自成尽亡其卒，独与刘宗敏、田见秀等十八骑溃围”，遁入商雒山中，处境十分艰难。崇祯十三年，张献忠谷城再起粉碎杨嗣昌军事围攻之际，李自成率部“出商洛，入豫”。其时河南久旱，饥民争相投附，势复大振，很快发展到十余万人。这时，一些失意的知识分子如宝丰县举人牛金星、永城算卜者宋献策、杞县人李信也加入农民起义军。他们为李自成出谋划策，制定和推行了一系列很有见识的政策。他们针对当时民众的迫切要求，提出了“均田免粮”口号，主张免除不合理的赋税负担和加派，把地主侵占的土地还给无地耕种的农民。这对起义军其后的发展，无疑发挥了重大作用。
崇祯十四年（1641）正月，李自成农民军攻克了洛阳，活捉并杀死了福王朱常洵，没收福王府中的金银财货和粮食物资，发布告示大赈饥民。由是“远近饥民荷旗而往应之者如流水，日夜不绝，一呼百万，而其势燎原不可扑”。与此同时，他们还在豫西三府四十余州县之内，“抚流亡，通商贾，募民垦田，收其籽粒以饷军”，深得民众的拥护。
李自成攻克洛阳后，企图乘胜进攻开封，但明军严守开封，三次围攻均遭失败。崇祯十五年（1642）底，李自成率四十万大军由河南挥戈南下湖广。次年正月，农民军攻克承天（今湖北钟祥），二月攻克襄阳，改襄阳为襄京，建立政权机构。李自成自称“奉天倡义大元帅”，设丞相一人，以牛金星任之。下设吏、户、礼、兵、刑、工六政府，分理政务。在地方上，于要地设防御史，以下府设府尹，州设州牧，县设县令。在军事上，元帅之下有将军，依次为：权将军、制将军、果毅将军、威武将军。当时征战各地的主力部队分中权亲军、左、右、前、后五营，以正副权将军提督五营军事，共设二十二将。同年六月，张献忠在武昌建立政权，李自成曾派人前去祝贺，张献忠亦以重金回报。双方相约互为声援。
李自成夺取襄阳后，明朝在中原已无精兵可与农民军作战。崇祯帝急于消灭起义军，只好调动陕西的孙传庭部出关进剿李自成。崇祯十六年（1643）五月，孙传庭总督河南、四川军务，不久又进兵部尚书，加督山西、湖广、贵州及南北军务。孙传庭遂以副总兵高杰为中军，四川总兵秦翼明出商雒为犄角，以延绥、宁夏总兵王定、官抚民为后劲，总兵牛成虎、副将卢光祖为前锋，会集河南。李自成利用孙传庭部孤军深入后援不继的弱点，首先在河南汝州切断明军粮道，明军军心大乱，郏县一战，明军师饥自溃。自成“纵铁骑践之，传庭大败”。十月，李自成乘胜追击，在潼关击毙兵部尚书孙传庭，连破华阴、渭南、华、商、临潼，进攻西安。十月十一日，李自成攻占西安城，活捉秦王朱存枢，杀死陕西巡抚冯师孔。接着，分兵攻取陕西三边，所至风靡。至此，湖广西北部、河南大部及陕西三边，都在李自成控制之下。
崇祯十七年（1644）正月初一日，李自成在西安建立大顺政权，改元永昌，造甲申历。封刘宗敏、田见秀等以下功臣为五等爵，更定官制，改内阁为天佑殿，设大学士平章军国事，以牛金星为之，宋献策为军师，以下设六部政府尚书、侍郎，分理政务。地方上设省节度使、巡按直指使以及道防御史、府尹、州牧、县令等。
西安政权建立后，崇祯十七年（1644）二月，李自成率大军东渡黄河，经由山西攻夺北京。所过之地，严禁抢掠，实行“平买平卖”、“公平交易”等政策。一路势如破竹，“所过七十余州县，无不开门迎降”。三月初一日破宁武关，七日下大同，八日至宣府，十四日抵居庸关，十七日进围北京，十八日入彰仪门进据外城。崇祯帝见大势已去，自缢于煤山（今景山）。十九日，李自成的大顺军占领了北京。
李自成起义军进入北京后，在北京短短的四十余天里，曾采取了一系列措施，巩固已取得的胜利成果。
稳定北京的社会秩序，严明军纪，禁止扰民。他下令“商贾仍令开市不闭，军士掠杀者斩，最轻者亦断手砍足”。李自成进入北京后，始终粗衣粝食，保持农民本色，不时“问民疾苦”。
健全政权机构，完善各项制度。大顺军进入北京后，按照西安所拟定的官制，健全了各种机构，提高武官的地位，大顺文官俱听武官节制。制定《永昌仪注》，“条记官制、补服、朝见仪节，以及各官往来礼柬之类皆具”。
接管地方。大顺军进入北京后，占有了河南、山东、山西、陕西及北直隶的大部分地区，以及甘肃、青海、宁夏、湖广、江苏、安徽等省的部分地区。为恢复地方秩序，李自成及时派出了一批地方官，接管地方州县，“所至无违者”。
甄别录用明朝降官。大顺军入京后，充实和加强政权建设。除以农民军将领为核心骨干外，也录用了相当数量的明朝中下级官员。责令在京的明朝官员到指定地点进行登记，凡三品以上，不予录用；四品以下，酌情录用。首批选用九十六人，后又陆续录用。为求取人才，大顺政权还开科取士。
设置“比饷镇抚司”，继续实行追赃助饷，以大将刘宗敏主持。官吏一律按照品级高低定出银数多寡。
大顺军进入北京后，对守卫山海关的吴三桂也进行了争取，令其父吴骧作书招引，并派降将唐通携白银四万两前去劝降。但是，野心勃勃的吴三桂，以父受追赃拷索，爱妾被掠为借口，不惜勾引清兵，向农民军反扑。四月十三日，李自成率军六万东征，二十一日抵山海关，与吴三桂展开激战，不料清骑兵突然袭击，战斗失利，撤回北京。四月二十九日，李自成在武英殿匆匆举行即位典礼，“追尊七代皆为帝后，立妻高氏为皇后。自成被冠冕，列仗受朝”。三十日，农民军撤出北京。七月，李自成经由山西，进入西安。永昌二年（1645，清顺治二年），李自成迫于清军追击转入湖广。同年四月，年仅三十九岁的李自成遇害于湖北通山县九宫山。
明末农民大起义是中国历史上一次空前规模的农民大起义，最终推翻了明朝的封建统治。它历时十八年，规模大，势力所及达到全国十六个省区。参加人员广泛，以农民为主体，包括各个社会阶层。并提出了“均田免粮”、 “平买平卖”的口号，反映了农民平等平均的思想。另外，农民军在军事组织、指挥，战略和战术方面，也积累了宝贵的经验。
附表明世系表
