努尔哈赤虽然是一位“聪睿英勇”的开国君主，解决了不少似乎无法解决的难题，进入辽沈后又迅速认清了新形势，及时地采取了“各守旧业”、大量任用汉官等政策，收到了一定的效果，但是由于大奴隶主、大农奴主的阶级局限性和历史条件的制约，他不能坚持和彻底推行符合辽东需要顺应时代潮流的正确政策，并且由于一向攻无不克、飞跃前进而有些飘飘然了，骄傲专横，刚愎自用，因而从天命八年以后，犯了不少错误，干了一些蠢事。首先是，他不该从“恩养尼堪”转变为大杀辽民。天命八年（明天启三年， 1623）六月，听说复州汉民人数增加，接受明国“派来之奸细和札付”，将要叛逃，努尔哈赤派遣大贝勒代善、斋桑古、阿济格、杜度、硕讬等贝勒，率兵两万，前往镇压，将男人全部杀光，带回大量子女、牲畜。天命九年正月，努尔哈赤连下九次汗谕，遣派大批八旗官兵，在金国的大部分辖区，查量汉民粮谷，凡每人有谷不及五金斗的，定为“无谷之人”。努尔哈赤辱骂 “无谷之人”是“不耕田、无谷、不定居于家，欲由此地逃往彼处（明国）之光棍”，谕令八旗官兵“应将无谷之人视为仇敌”，发现其“闲行乞食”，立即“捕之送来”，并于正月二十七日“杀了从各处查出送来之无谷之尼堪（汉人）”。天命十年十月初三日，努尔哈赤下达长谕，指责汉民“窝藏奸细，接受札付，叛逃不绝”，历数镇江、长山岛、川城，耀州、彰义站、鞍山、海州、金州等地汉民武装反抗事例，宣布要斩杀叛逃之人。他命令八旗贝勒和总兵官以下备御以上官将，带领士卒，各去自己辖属的村庄，“区别”汉民，凡系抗金者，一律处死。各将遵令，“分路去，逢村堡，即下马斩杀”。时有辽民几尽杀光之说，满汉关系极度恶化。
努尔哈赤还在十月初三的“汗谕”中，命将未杀的“筑城纳赋”之“小人”（即劳动者），全部编隶汗、贝勒的拖克索（庄），每庄十三丁、七牛，耕地百晌，八十晌庄丁“自身食用”，二十晌作“官赋”。编丁隶庄后，总兵官以下，备御以上，“每备御各赐一庄”。这样一来，原来“计丁受田”的汉民，失去了“民户”的身份，沦落为奴仆性质的“庄丁”，被迫缴纳数倍于“计丁授田”之丁上交的丁赋，人身奴役加重，剥削更为厉害。辽东地区的大多数汉民（即除去原系阿哈的汉民以外），从“计丁授田”的后金国“民户”，下降为缴纳高额地租、惨遭庄主压迫的封建农奴，严重地加深了辽民的苦难，农奴制庄园恶性扩展，遍布后金辖区，这是很大的倒退。
从天命八年六月镇压复州兵民起，努尔哈赤在对待汉官的问题上有了很大的变化，放弃了原来拉拢汉官、大量任用汉官的正确政策，错误地对他们产生了怀疑，采取了疏远的态度。进入辽沈初期，不少降金汉官竭力效忠金汗，征田赋，佥汉兵，派役夫，运官粮，筑城池，清点人丁，查获“奸细”，捕捉逃人，劝诱辽民听从新君的命令，做了许多事。但是，由于辽东军民痛恨后金苛政，猛烈反抗，明又不断派遣密使劝说汉官弃金投明，有些汉官就犹豫了，担心金国汗、贝勒不能久驻辽沈，因而或与明臣书信往来，以留后路，或暗订密约，伺机叛逃。努尔哈赤不从改革弊政、减少杀戮、缓和矛盾以平息民怒稳定局势这一根本上着手，却改变策略，怀疑汉官，疏远汉官。当努尔哈赤决定派兵屠杀复州兵民时，“抚顺额驸”李永芳谏阻说：“所谓复州之人叛者，非实也，恐系人之诬陷矣。”李之本意是应当慎重，核实情况后再发兵，这原是无可非议的。可是，努尔哈赤却大发雷霆，厉声指责李永芳等汉官“以明帝为长久，以我为短暂”，“心向明国”，蔑视金汗，竟革去他的总兵官职，捕其子来审讯，后虽复官，但也不似过去那样信任和重用了。这样一来，汉官人人疑惧自危，持有二心，不敢直谏，妨碍了努尔哈赤对辽东汉民情形的深入了解和正确处理，影响了满族贵族与辽东汉族地主阶级的联合，加剧了辽东的动乱。
努尔哈赤在天命八年处理八旗贝勒和高级官将的问题上，也做了一些错事。三月，曾为建立后金国驰骋疆场征战三十余年的开国元勋扈尔汉，向养父努尔哈赤上书，承认过失，乞父宽恕，恳求再次起用为国效劳，努尔哈赤却大摆君主威风，再谴其非，不予考虑，使这位叱咤风云威震辽东功勋卓著的总兵官，忧闷病重，九个月后含恨去世，其子浑塔还降级袭职。五月，创制满文、被誉为“一代杰出之人”的大巴克什额尔德尼，仅因细故，夫妇两人被努尔哈赤无辜冤杀，家被抄没。六月，原哈达国主蒙格布禄贝勒之子、努尔哈赤的亲女婿乌尔古岱，因被汉官讦告收其金银，尽管缺乏根据，却遭议处死刑，后虽免斩，仍被革去具体处理军国大政的督堂要职，从总兵官降为备御。努尔哈赤还因此案痛责“爱子”四贝勒皇太极和岳讬、济尔哈朗、德格类三位贝勒。这一重大案件，在八旗贝勒、大臣中引起了强烈的反响。
努尔哈赤晚年犯的这些错误，严重地破坏了辽东生产。这一曾经是“田人富谷，泽人富鲜，山人富材，海人富货”，“家给人足，都鄙廪庾皆满，货贿羡斥”的富饶地区，竟弄得人丁锐减，田园荒芜，庐舍残破，百业凋敝，社会混乱，民不宁居，饥荒频仍，物价飞涨，甚至出现了“人相食”的悲惨局面。