转基因食品归根结底是食品，既然是食品，那么食品安全的关注不可忽视。尤其是转基因食品作为一种新科技衍生的食品，其安全性就需要额外的重视。
第一，转基因食品是否安全，其实大家都心知肚明。如果转基因食品非常安全。为什么需要国家批准？现在的说法都要加一个定冠词，叫“经国家检验和批准的转基因食品是安全的”，换个说法就是，未经国家检验和批准的转基因食品是没人保证它的安全性的，而且在我们国家种植未经国家批准的转基因作物是犯法的，已经有很多的处罚案例。所以，至少在中国形成共识的意见（国家规定，在相当程度上代表社会共识）是，转基因食品必须谨慎，必须严加管控，否则很可能是不安全的。如果你觉得转基因食品是安全的，它的推广和食用关系到国家未来的发展，那就不妨和国家的有关部门说说，让国家改变相关的法律法规，在网上嚷嚷一点意义都没有。
第二，转基因作为一门新技术，当然值得重视、研究和发展。但是，它不像量子技术，芯片技术，或者高铁技术，是吃到肚子里的技术。无论如何它只有二、三十年的历史，量子理论、核技术都有百年以上的历史，转基因技术的所有实验和数据都还非常不足，所有的标准也都很局限，特别是基因理论（应该是转基因技术的理论基础），人们对它的了解还非常非常贫乏，根本不知道它的运行机制和相互作用。即使许多人觉得神秘莫测的量子理论，或者相对论，至少我们还有薛定谔方程和质能方程，可以做大量的计算和预测。基因理论到目前为止连一个数学表达式都没有。如果说，数学描述是一个科学理论成熟的标志，基因理论显然还只是停留在实验和观察阶段，远远谈不上是成熟的科学。把这样一种理论，轻易推广到实用层面，而且是大规模的实用层面，吃进人们肚子里的实用层面，这无论如何不能认为是负责任的行为。这甚至与医学不同，一方面医学有几千年的悠久历史，二方面医学的应用实际上是被动的，没办法的，不试人就死了，就算有风险，人们只好冒险，医院做手术，病人家属都得签“生死状”（有点不好听）。所以，转基因食品的不安全性，归根到底是基于基因理论的不完备性和不成熟性。
第三，从理论上讲，人们可以利用转基因技术，根据需要和人们的意志，重新编辑或者植入人们认为可取的基因片段。比如把生活在北冰洋的鱼的基因，植入到西红柿里，培养出抗寒西红柿（想想都恐怖）。这样，转基因技术天生就具有明显的道德风险，如果是一个坏科学家，或者一个坏企业，通过转基因技术植入一些不该植入的东西，怎么办？会不会产生生态或者全人类的灾难？所以，这样一种技术，必须受到国家和人类共同体的严格管控，这非常合乎逻辑。
第四，所谓科学界的共识，根本就是伪问题。或许在生物科技界，转基因食品得到相对普遍的认可，毕竟这本来就是生物科技技术。但是在生态环境科学界，在社会科学界，在经济学界，甚至在营养学界，恐怕谁也不敢说取得多少共识吧。至于其它的学科，比如数学界、物理学界，或者天文学界，再大的科学家，在这个问题上，也是吃瓜群众！