新生儿在出生后12小时内开始排出黏稠、黑色或墨绿色、无臭味的胎粪，这是胎儿肠黏液腺的分泌物、脱落的上皮细胞、胆汁、吞入的羊水或产道的血液等的混合物。一般每天2～3次，2～4天后胎粪排尽，转为黄色糊状便，每天3～5次，通常是在喂奶时排便。在喂奶时排便是胃肠反射引起的，属正常生理现象。

母乳喂养的新生儿大便呈金黄色，偶尔会微带绿色且比较稀；或呈糊状，均匀一致，带有酸味但没有泡沫，没有奶瓣。人工喂养的新生儿吃的是配方奶，大便呈淡黄色或土黄色，比较干燥、粗糙，有便秘倾向，带有难闻的粪臭味，有时还混有灰白色的“奶瓣”。

新生儿在出生时膀胱中已经有少量尿液，所以在出生后6小时内排尿，开始尿少，以后逐渐增多。一般出生后的前4天，一天只排尿3～4次，大约1周以后，随着进水量的增多，每日排尿可达20次左右，尿量也会增加。新生儿的尿呈淡黄色且透明，但有时排出的尿会呈红褐色，略微浑浊，这是由于尿中的尿酸盐结晶所致，2～3天后会消失。尿液的颜色因母乳喂养还是牛奶喂养的不同而有差异。

新生儿大便时很用力，有时因屏气用力而脸面涨得发红，伸臀、仰头、皱眉，甚至发出特殊的声响，有些母亲误认为新生儿便秘，其实不是的。这是因为新生儿的神经系统发育还不健全，对各种肌肉群的调节和控制还不准确，往往是一处用力而引起全身用力。随着新生儿的生长发育，这种状况会消失的。