宋室南迁后，在北方活动的道教，主要是太一、大道（蒙哥时期改名为太真）、全真等诸派及浑元教等。其中正一为宋以前旧教派，而全真等则为宋室南渡后北方新创教派。
全真道由道士王喆于金朝中期所创，追随他为发展全真道作出重要贡献的是其七大弟子。全真教宣扬道、儒、释三家合一，兼而修之，故号全真。金末元初，全真道及时投效蒙古统治集团，因而后来居上，获得了比太一、大道诸教以及佛教、儒学等远为优越的地位，以至能在三四十年内在北方长期维持“设教者独全真家”的局面。蒙哥在位时期发生了两次佛道辩论，全真道士两次遭到失败。其结果不但使道教的地位降至释教之下，而且也稍稍改变了全真道在北方道教诸派中一门独尊的状况。全国统一以后，活动于南宋故土的旧道教符箓各派继续流行于江南各地；在北方传播的仍然是全真、真大等教，而以全真道的势力最大。
道教势力在世祖至元年间又经受了一次严重的打击。蒙哥时曾勒令道教归还被他们霸占的佛寺二百余所。到至元十七年，“僧人复为征理”。据释教声言，全真教徒殴击僧徒，诬僧人纵火，声言焚米三千九百余石。这场官司仍以道教失败告终，全真道士被诛杀、剿刖、流窜者达十余人。释教乘势要求朝廷追究曾经蒙哥禁断、但尚流行于世的道教伪经。元廷遂于次年命释门诸僧、翰林院文臣偕正一天师张宗演、全真掌教祁志诚、大道掌教李德和等人，会集长春宫，考证道藏诸经真伪。释道辩论达数十日之久，结果除《道德经》外，其余道教经典悉被判为伪经。释教敦促朝廷再次下令焚经，忽必烈说：“道家经文，传论踵谬非一日矣。若遽焚之，其徒未必心服。彼言水火不能焚溺，可姑以是端试之。俟其不验，焚之未晚也”。他命令道教诸派各推一人佩符入火，“自试其术”。张宗演等人惊慌失措，承认“此皆诞妄之说。臣等入火，必为灰烬，实不敢试，但乞焚去道藏”。忽必烈于是下令，除《道德经》外，其余道教诸经一概焚毁，并禁止醮祠，遣使晓谕诸路遵行。这次打击，祸及南方道流，其影响超过蒙哥时局限于北方的焚毁道藏之举。不过，《道德经》外，“其余文字及板本化图一切焚毁”的诏令，并未完全执行。由于正一道人张留孙通过太子真金向忽必烈恳请，道经中之“不当焚者”或“醮、祈、禁、祝”等仪注皆得保存。忽必烈末年，又撤销对醮祠的禁令，“凡金箓科范不涉释言者，在所听为”。当时由于桑哥等权臣
沮遏，这道诏旨只在京师公布，“而外未白也”。成宗即位以后，又将它重新颁行天下。道教这才从焚经厄运中喘过一口气来。自蒙哥时候起，全真、真大、太一等教门宗教领袖的掌教地位均由朝廷任命或加以承认。入元以后，更由此发展为一项特殊的制度：“国朝之制，凡为其教之师者，必得在禁近，号其人曰真人，给以印单，得行文书，视官府。”各宗掌教的人选，由本宗上层推定后经皇帝批准赐印，有时也直接由皇帝委派本宗中深孚众望者担任。在南方，世代居住在龙虎山的第三十五代正一天师张可大，南宋季年已受敕提举三山（龙虎山、阁皂山、茅山）符箓。忽必烈攻鄂时，他曾对来访的蒙古秘使预言“后二十年当混一天下”。忽必烈灭南宋后，对可大之子，三十六代天师张宗演倍加宠渥，命其主江南道教。此后，嗣位的历代正一天师，也都经过元廷的认可，受真人之号，袭掌江南道教事。成宗时，三十八代天师张与材又受封为正一教主，主领三山符箓。江南道教符箓各派遂正式并于正一道门之下。正一天师就是正一掌教。惟元廷仍许其住在龙虎山，不像北方三派掌教“必得在禁近”。
元政府除了对各派掌教竭力加以控制外，还设置专门机构，对“教法”以外的事务，特别是涉及国家与道教之间关系的各种有关事务加以干预和管理。在中央，以道教隶集贤院；地方上各教门，郡置道官一人，领其徒属，用五品印。宫观各置主掌。元代道官主要有道录、道正、道判、提点等。道官虽多由道士充任，但一般由政府任命。地方上的道官衙门和宫观之间有时也会发生冲突。
元代道教人物中最著名的自然是长春真人邱处机。邱处机是全真道创始人王喆七弟子之一。他曾奉成吉思汗召请，远赴中亚。他死后，全真掌教尹志平（1169 —1251年）、李志常（1193—1256）在促成本宗的全盛方面显示了经营大家的才干，在他们的主持下，全真道进行了几项大规模的活动。其中包括为邱处机举行显耀的葬礼；大兴土木、广建宫观，乃至筑道院于和林；在终南祖庭会葬祖师王喆，并扩建重阳万寿宫；刊行道藏；在广度门徒的同时，竭力争取朝廷的信任和支持。另一个值得一书的人物是真大道第九传掌教张清志。在八传掌教岳德文死后，张清志归丧大都天宝宫，“丧毕潜遁”。数年后为徒众推举，曾任掌教。因不堪谒请逢迎而隐去。后因找不到合格的继任者，朝廷遣使寻访，给驿致之。张清志度不可辞，只得入京，但他舍所赐驿乘，徒步赴京。到达大都以后深居寡出。贵人达官来见，常告病不出，但对于社会贤良却宁愿徒步去见。随着元廷对道流的利用和笼络，其上层率多趋炎附势，肆行威福，早已忘记了刻苦自励、淡泊寡营的标榜。张清志的行止，与他的同道相比，应该说还是高出一筹的。
由相传为张道陵后裔世代相袭的正一道天师的居处龙虎山，宋代已成为官定的正一道祖山。元代正一道另外还有两个著名人物，即张留孙（1249 —1322年）、吴全节（1266—1346年）师徒。张留孙，信州（今江西上饶）贵溪人。少时入龙虎山学道。正一天师张宗演奉忽必烈之命北觐时，选留孙等从行。与北方的全真、真大等清修派别不同，正一诸派都持符箓念咒作法，大概更容易得到蒙古贵族的信从。元廷选正一道士留住大都，诸人以“北方地高寒，皆不乐居中”。最后留下了奏对称旨的张留孙。张留孙以法术为皇室驱邪禳灾，渐受眷隆。至元二十五年，元廷以其预议掌管道教的集贤院事，实际上把他推上了南北道教诸派钦定盟长的席位。此后他主盟道坛三十余年，受玄教大宗师印，视二品，领集贤院事，位大学士之上，进入元代品秩最高的道官之列。张留孙死后，至元年间由他推荐入京师的吴全节继任玄教大宗师。吴全节深通儒术，在“学问典故”方面一直是张留孙的顾问。张留孙、吴全节与朝中许多较有地位的儒臣保持着比较融洽的关系。除主盟道教外，他们亦经常利用自己的特殊身份与议国政，“国家之政令得失、人才之当否、生民之利害、吉凶之先征，苟有可言者，未尝敢以外臣自诡而不尽心焉”。这个阶段，正一道对元廷的政治影响，似乎超过了全真等教派。吴全节死后继任玄教大宗师的是其弟子夏文泳（1277—1349）。
由于蒙古帝国版图辽阔，道教随着被蒙古人征发的汉人传播到遥远的边疆。十三世纪二十年代，阿力麻里的道教徒曾设立三坛。和林城的一所道观“三灵侯庙”一直存在到元末。和林遗址额尔德尼召至今存有至正九年（1339）所立的“三灵侯庙之碑”，参与建设这所道观的有各民族的人。
元代刊刻的道藏《玄都宝藏》，是由全真道在其全盛时代主持完成的，“全真之教以识心见性为宗，损已利物为行，不资参学、不立文字。自重阳王真人（即王喆）至李真常（即李志常）凡三传，学者渐知读书，不以文字为障蔽”。为了争取道流正宗的地位，扩大传道手段，全真掌教尹志平决定命披云真人宋德方主持刊藏。前后设经局27 处，以管州（治今山西静乐）所存《大金玄都宝藏》为基础，搜求遗佚，加上全真道人的著述，一并刊刻入藏。是役起于1239年，告竣于1244年，陆续印造了一百数十部。元刊道藏共计七千八百余卷，约比《大金玄都宝藏》多一千四百卷。可惜道藏刊成后不久，便遭到蒙哥时代和至元十八年焚经之祸。经板和相当一部分经书被毁。明正统道藏《缺经目录》所著录者，绝大多数系因元代焚经而致亡阙。元代南方一些较大的道观，也保存了部分道藏。其来源大都是从两宋幸存下来的《政和万寿道藏》刊本。