一、惠宗的统治
洪武三十一年（一三九八年）闰五月，明太祖朱元璋在南京病逝。临终前颁遗诏说：“今年七十一，筋力衰微，朝夕危惧，惟恐不终。今得万物自然之理，其奚哀念之有。皇太孙允炆，仁明孝友，天下归心，宜登大位，以勤民政。”（《国榷》卷十）
明太祖建国称帝时，立长子标为皇太子。一三九二年四月，太子标病死。九月，立朱标次子允炆为皇太孙。明太祖死后，允炆（南明追谥惠宗）奉遗诏即帝位，年二十二岁。改次年年号为建文。兵部侍郎齐泰受太祖顾命辅政，进为尚书。东宫伴读、太常寺卿黄子澄兼翰林院学士，同参国政。
明惠宗生长深宫，幼读诗书，并无执政和作战的实际经历。明太祖定制，军政大权集中于皇帝和朝廷，新即位的年轻皇帝不得不肩负起不堪承受的重担。惠宗即位时朝野状况是：（一）经过明太祖三十年的猛政，开国名臣，相继死去。朝中文官武将，声威与才干都远逊于前朝，中枢渐趋虚弱。（二）明太祖分封诸子为王，以辅翼王室。诸王权势日盛。为防御蒙古，北边藩王，得拥军兵，权势尤重。明惠宗与诸王，国中为君臣，族内为侄叔。诸叔王分据各地，是新王朝难以控驭的威胁。（三）江南地区经济发达，是朝廷财赋的重要来源。江南地主在农民战争中遭到严厉的打击。明太祖迁徒豪富，重赋东南，更招致了江南地主的嗟怨。
明惠宗即位后，企图从两个方面建立起他的统治。一是宣告实行宽猛得宜的维新之政，以争取朝野的支持，一是削夺藩王权势，以减除朝廷的威胁。
维新之政——惠宗在即位诏中即宣告：“永惟宽猛之宜，诞布维新之政”（《国榷》卷十一）。所谓“宽猛之宜”，实际上是以宽矫猛。所谓宽，主要是宽刑与宽赋。当年七月间下诏行宽政，赦免罪犯，捐免逋（欠）租。十二月，又下诏说：“朕即位以来，小大之狱，务从宽减，独赋税未平，农民受困，其赐明岁天下田租之半”（《国榷》卷十一）。此后，一四○○年二月，又诏均江浙田赋。太祖时江浙赋税独重，悉与减免，每亩纳税不过一斗。同时废除江西、浙江、苏州、松江等地人不准在户部任职的规定，仍得在户部为官。
惠宗维新之政的另一内容，即所谓“更定官制”。惠宗即位后任名儒宋濂之弟子汉中府教授方孝孺为翰林院侍讲，参据《周礼》更定官制。此事自建文元年正月起陆续进行，至四月大体告竣。所谓更定官制，其实只是某些官员品级的改定、机构的调整和官职名号的更易，并非制度上的实际改革。如六部尚书由正二品改为正一品。工部增设照磨司，兵部裁革典牧所。都察院改为御史府，设御史大夫。通政司改名通政寺。大理寺改名大理司。官员职名六部侍郎改称侍中，原通政使改称通政卿，大理寺卿改称大理卿。他如太常寺卿改称太常卿，光禄寺卿改称光禄卿等等，大体类此。地方官制主要是改左、右布政使制，只设布政使一人。提刑按察司改为肃政按察司。此次匆促进行的所谓改制，旨在表明新朝的维新，对实际实行的官制，并没有什么重大意义。
削夺藩王——惠宗即位前，早已感到诸藩叔王的威胁，曾与东宫伴读黄子澄议论其事。诸藩中，防守北边的晋王、宁王和燕王各拥重兵，尤以燕王朱棣权势最为显赫。燕王驻守元朝旧都北平，元室亡后，曾多次与边地蒙古军作战获胜，受命节制诸军，声名大振。在诸王中也最年长。燕王的兄长太子标、秦王樉、晋王�，在太祖在位时已先后病死，由王子袭封。藩封开封的周王橚是燕王的同母弟，又同为太祖马皇后收养。燕、周二王关系最密。惠宗与黄子澄等聚议，欲削燕王，当先除周王。
太祖病死后，惠宗诏令诸王在藩国听朝廷节制，不准来京师奔丧会葬。燕王行至淮安，被迫返回北平。惠宗即位后月余，即派遣曹国公李景隆（李文忠之子，袭父封）领兵去开封，围周王府擒捕朱橚审讯，坐实谋反罪。一三九八年七月初，惠宗将周王橚贬为庶人（平民），革去王封，迁置云南蒙化。
代王桂（太祖十三子）封藩大同，受晋王节制。一三九九年初，以贪虐罪，削王封，贬为庶人，幽禁大同。
岷王楩（太祖十八子）原封岷州，后改镇云南。因西平侯沐晟（沐英子）奏其过失，废为庶人，徒置漳州。
湘王柏（太祖十二子），封藩荆州。好读书，尤喜道家，自号紫虚子。惠宗以王府擅杀人等罪，遣使拘捕。湘王惧祸，在王府自杀。
齐王榑（太祖七子）封藩青州。曾从燕王北征，出塞作战，以军事自负。惠宗将各王召至京师，以有人告变为由，废为庶人。
一三九九年春四月以前，惠宗先后贬废数王，削藩之势已成，诸王均不自安。诸王中燕王年辈最长、权势最大、军功最高。太子标死后，太祖传孙而不传子，燕王早已心怀不满。惠宗削藩更使燕王惴惴不安。太祖时曾命僧人道衍入侍燕王府诵经，主持北平庆寿寺，与燕王过从甚密。燕王与道衍在王府后苑铸造军器、训练士卒，密谋起事。户部侍郎卓敬密奏惠宗，请将燕王徙封南昌。惠宗不听。一三九九年二月，燕王奉召入京师朝觐，四月返回北平，称病家居。惠宗得密告，逮捕燕王府训练士卒的官校于谅、周铎处死。燕王伪装疯颠避祸。早在一三九八年十一月，惠宗以工部侍郎张昺为北平左布政使、谢贵为都指挥使，驻北平，密察燕王动静。一三九九年六月，惠宗密诏张昺、谢贵擒燕王，北平都指挥使张信奉命往王府逮捕。张信投附燕王，告以密谋。燕王以护卫壮士八百人入卫。七月间，诱骗张昺、谢贵入府饮宴，在席间杀张、谢，起兵反。明太祖病逝刚过一年，原来用以夹辅王室的燕王，成为谋夺皇权的主将。明朝宗室间的一场争夺皇位的内战开始了。
二、燕王夺位
燕王起兵誓师，发布文告，以除奸臣齐泰、黄子澄为名，说是效法周公辅成王，并引据明太祖制定的《皇明祖训》：“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧之恶。”《祖训》规定清君侧需有天子密诏，又上书惠宗，说是待命入诛奸恶。燕王起兵时，宣告废除建文年号，也就是否认惠宗的皇位。上书待命，不过是为了掩人耳目，师出更加有名。惠宗得报，削去燕王属籍，起用六十五岁的开国老将长兴侯耿炳文（子璇娶太子标之女江都公主）为大将军，驸马都尉李坚（娶太祖女大名公主）为左副将军，领大兵号称三十万伐燕。
燕王起兵前，惠宗以备边为名，已在北边各重镇部署兵力，形成对北平的包围。燕王誓师后，先攻蓟州，擒斩都督指挥马宣，进取遵化，遵化卫投降。转攻怀来，擒斩都督宋忠。燕王府精锐兵士原已划归宋忠指挥，临阵倒戈归燕。山后诸州，自开平至云中相继降附燕王。八月，耿炳文领大军至真定，燕王领兵至涿州，先后攻取耿军先锋军驻在的莫州、雄县，进至真定城下。耿炳文出战，大败。李坚被擒，械送北平，死于途中。耿炳文退兵城内，坚守不出。燕王领兵回北平。惠宗得到败报，召耿炳文回京，改任李景隆为大将军。
九月，李景隆至德州，收集溃散士卒，调集各路军马五十万，进驻河间。燕王留世子高炽坚守北平，亲自率军趋永平，败明军，十月，转向大宁。大宁为宁王封地，所属朵颜诸卫，蒙古骑兵，骁勇善战。惠宗削夺宁王府三护卫。燕王致书宁王联络，至大宁城下，败明守军，只身入城，与宁王相见，拥宁王赴北平，尽收朵颜三卫军队。
李景隆听说燕王去大宁，帅师度芦沟桥，直抵北平城下。几次攻城，不下，屯兵城郊郑村坝。十一月，燕王回师至北平郊外，进逼李景隆军营，城内燕军出击，内外夹攻，景隆不能支，乘夜逃跑。士兵溃散，败逃到德州。
李景隆军败的消息传到南京，惠宗问黄子澄，“外间近传军不利，果何如？”黄子澄隐瞒战败实情，谎称：“闻交战数胜，但天寒，士卒不堪，今暂回德州，待来春更进。”黄子澄并派人密告李景隆隐瞒兵败事，勿奏。一三九九年四月，李景隆会武定侯郭英及安陆侯吴杰等军六十万，号百万，进抵白沟河，以都督平安率精兵万骑为前锋。燕王使张玉将中军，朱能将左军，陈亨将右军，为先锋，丘福将步骑，马步军共十余万。双方激战于白沟河，燕兵数败，陈亨败走。燕王坐骑，三次被创。明军虽多于燕军数倍，但将帅不专，政令不一。平安部被燕军朱能战败，军阵大崩。燕兵乘风纵火，烧其营垒，郭英等西溃，李景隆南奔，委弃器械辎重山积，死者十余万。李景隆单骑走德州。燕军跟踪追至。五月，李景隆自德州逃到济南。燕军追及，败李景隆所率残部十余万人，围攻济南城。都督盛庸与参政铁铉死守，燕军围城三月不下，屡遭袭击，被迫撤回北平。惠宗以盛庸代李景隆为大将军，擢铁铉为兵部尚书，赞理大将军军事。
九月，惠宗命大将军盛庸总率诸军北伐，副将军吴杰进兵定州，都督徐凯等屯沧州。十月，燕军破沧州，俘徐凯。十二月，燕军进入山东，至临清、馆陶、大名、汶上、济宁。盛庸与铁铉于东昌誓师励众，检阅精锐，准备背城一战。燕军屡胜轻敌，进至东昌，鼓噪前进，被盛庸军打得大败，张玉战死，燕王被围。朱能援军接应燕王突围，返回北平。盛庸军追击，杀伤燕兵甚众。惠宗出兵伐燕，屡次告诫诸将“勿使朕有杀叔父之名。”燕王数次处于危境，明军不敢置死，因而得以逃脱。
一四○一年二月，燕王再次率军出击，先后于滹沱河、夹河、真定等地败盛庸、吴杰、平安军。惠宗下诏窜逐齐泰、黄子澄等，以平息燕军。三月至四月间，燕军继续南下顺德、广平、大名等地，河北郡县多降。七月，盛庸联络大同守将，进兵保定。燕王闻报，自大名率师返回北平。建文四年（一四○二年）正月，燕军入山东，铁铉驻守济南，燕军绕过济南，攻破东阿、汶上、邹县，直至沛县、徐州。惠宗命中军都督府魏国公徐辉祖（徐达子）率京师卫军往援山东。四月，燕军进抵宿州。平安率军跟踪至肥河，袭击燕军。总兵何福率军列阵十余里，沿河向东挺进、徐辉祖率军来援，与燕军大战于齐眉山。燕军损失甚重，骁将王真、陈文、李斌，都指挥韩贵等战死。时值暑雨连绵，道路泥泞，燕军北方士兵多不习惯，又染疾疫，多想北归。两军在肥河相持。惠宗纳廷臣议，以为京师不可无良将，命徐辉祖率军撤回南京。何福军孤立失援，粮运为燕军所阻。燕军乘势全力进攻何福军，破灵璧，何福单骑败走，平安等军将三十七人被燕军俘掳。灵璧战后，燕军士气大振。燕王率军直趋扬州，攻下高邮、通州、泰州等地，六月初三日，自瓜州渡江，盛庸沿江列兵抵御，被燕军冲溃。盛庸单骑逃走。燕军于十三日进抵京师金川门，守卫金川门的李景隆和谷王橞开门迎降。徐辉祖率兵抵御战败。惠宗与诸妃在宫中纵火自杀（一说出逃为僧，无确据）。
惠宗自焚之日，朝中诸臣拒不降燕，战死及自杀者甚多。佥都御史程本立、翰林院修撰王艮、编修陈忠、刑科给事中叶福、户科都给事中龚泰、监察御史魏冕、大理寺丞邹瑾、工部郎中张安国等先后自杀。弃官逃走者四百六十余人。六月，燕军渡江，燕王进入南京，张布奸臣榜，列黄子澄、齐泰、方孝孺、徐辉祖以及六部官员数十人。燕王（明成祖）在南京即皇帝位，以天子礼葬惠宗，不加庙号，私谥孝愍。直到一六四四年，南明福王才追上庙号惠宗。其后，清乾隆帝又追赠谥号惠帝。
明成祖夺得皇位，又有朝野名臣礼部右侍郎（侍中）状元出身的黄观、翰林院修撰黄岩、王叔英、浙江按察使王良等多人自杀拒降。明成祖依奸臣榜诛杀惠宗群臣。齐泰、黄子澄被捕处死，族诛全家。名士方孝孺在惠宗死后，穿孝服痛哭。成祖要他起草即位诏书。方孝孺掷笔痛骂。成祖说我能杀你九族。方说，你就要死了，怎么能杀我九族。成祖大怒，割去方的舌头，以磔（剐）刑寸割处死，年四十六。方孝孺九族及其门生，号为十族，八百七十三人被处死。流放治罪者，尤众。礼部尚书陈迪，当面指斥成祖，与其子六人都被处磔刑，宗戚一百八十人被流放。户部左侍郎卓敬曾建策改封燕王，全族处死。左副都御史练子宁坚持不屈，被族诛，姻亲处死一百五十余，流放数百人。大理寺少卿胡闰被召不屈，被剥皮处死，全族诛灭。被牵连而死者至数千人。户科给事中陈继之，曾指斥燕事，被责问不屈，磔死，诛夷三族。黄子澄曾藏匿于袁州知府杨任家，杨任被处磔刑，族诛九十三人。其他如刑部尚书暴昭、吏部左侍郎毛泰、户部侍郎郭任、兵部侍郎卢植、监察御史（左拾遗）戴德彝、高翔等多人均不屈处死，籍没家产，妻女给配为奴。魏国公徐辉祖被捕下狱，坚持不屈，举出明太祖允诺不杀徐达子孙的铁券文书作答。明成祖无法，只好赦免。兵部尚书铁铉，在成祖进南京后，拥兵淮南，企图兴复。十月间被逮不屈，直立阙下。明成祖命划开膝骨，割去耳鼻，以磔刑寸割处死，年仅三十七岁。继明太祖诛杀群臣之后，明成祖又一次残酷屠杀惠宗群臣，在血泊中登上了皇位。
一四○二年七月朔日，明成祖祭告天地，在奉天殿正式登极，接受朝贺，诏告天下。改明年年号为永乐。明成祖初起兵时，以清君侧、辅成王为号召，夺得皇位后则说是奉天靖难。随从起兵的有功军将丘福、朱能等晋封国公，加号奉天靖难功臣。群臣论功，以僧道衍为第一。一四○四年拜资善大夫太子少师，恢复俗姓姚，赐名广孝。
惠宗朝降燕诸将中，盛庸曾奉命镇守淮安。一四○三年，致仕，被劾自杀。平安降燕，被派驻北平，为北平都指挥使，一四○九年，成祖北巡，被迫自杀。李景隆开门迎降有功，加太子太师，一四○四年被劾下狱。削去勋号，回乡。