三国两晋南北朝时期，在农业的发展上，南北有显著的差别。北方由于战乱频仍，农业生产儿经由破坏到复苏的迂回曲折的发展道路，使其原来居于农业生产中心的地位有所下降。南方由于处于相对安定的局面，并因为北方的动乱而为农业发展提供了有利条件，加人口的大量南迁和先进生产技术的输入等，这一时期农业生产取得了长足的进展，其地位的重要性日益上升，为日后经济重心的南移创造了条件。
三国两晋时期北方农业由调敝到复兴
自汉末以来，北方农业区迭遭战乱，人口流失，土地荒芜，史称“时大饥荒”。“岁旱，虫蝗，少谷，百姓相食”。饥荒之严重，不仅劳动人民惨罹茶毒，拥兵割据的势力也深受影响，“自遭荒乱，率乏粮谷，诸军并起，无终岁之计，饥则寇略，饱则弃余，瓦解流离，无敌自破者不可胜数。袁绍之在河北，军人仰食桑椹，袁术之在江淮，取给蒲赢，民人相食，州里萧条”。饥荒持续时期之长也是空前的，从中平元年（184）黄巾起义到建安元年（196）曹操在许下屯田，已历十二年之久，实际上直到建安之末（219），饥荒的发展也没有完全得到控制。持续的大饥荒，使北方农村呈现空前的调敝，加之“兵难日起，州郡鼎沸，郊境之内，民不安业，捐弃居产，流亡藏窜”（《三国志·魏志·司马朗传》）。昔日繁荣的关中三辅地区“人民饥困，二年间相啖食略尽”（《三国志·《魏志·董卓传》）。山东地区“鸡犬亦尽，墟邑无复行人”。“江淮间空尽，人民相食”。“是时天下户口耗减，十裁一在”。
曹操对于恢复和发展北方农业生产起了积极的作用。建安元年（196），曹操在挟汉帝都许后，接受枣抵、韩浩的建议，在许下兴立屯田。当年获得丰收，“得谷百万斜”。于是，从许下向北方各地推广，同样获得成功，“数年中所在积粟，仓廪皆满”。屯田使大量流民成为政府的依附农民，在政权力量的强制推行下，与土地结合起来，使荒芜的土地得到耕种，解决了军粮匮乏的问题。与此同时，又“于征代之中，分带甲之士，随宜开垦”（《晋书·食货志》），大兴军屯。黄初元年（220）魏皇朝建立后，民屯方面没有更多的进展，军屯方面却有进一步的发展，尤以正始年间（240—249）邓艾首倡以五万人在淮南北的军屯成效突出。
与此同时，曹操针对当时“户口耗减，十裁一在”的情况，大力采取措施迁徙人民，充实司、冀、雍州等心腹地区。几乎整个建安年间都在进行这一工作。不仅从边境地区徒汉族农民进入腹心地区，而且迁徙少数民族入居内地以增加劳动力。
在地方上，各郡县官吏也致力于“招怀流民，兴复县邑” （《三国志·魏志·张既传》）。如吕虔为泰山太守，“诸山中亡匿者尽出安土业”（《三国志·魏志·吕虔传》）。凉茂为泰山太守，“旬月之间，襁负而至者千余家”（《三国志·魏志·凉茂传》）。郑浑为冯翊太守，“前后归附四千余家”（《三国志·魏志·郑浑传》）。苏则为金城太守，“是时丧乱之后，吏民流散饥穷，户口损耗，（苏）则抚循之甚谨……旬月之间，流民皆归，得数千家，……由是归附者日多（《三国志·魏志·苏则传》）。有的地方官吏还为“新集”的流民制定“移居之法”，令其伍、比相保，不复流散。
通过上述多方面的努力，曹魏统治之下的北方农业生产呈现复苏的景象。在各个屯田区域，大批流民复归土地，荒芜了的农田得到开垦，如刘馥为扬州刺史，“广屯田”，“数年中，恩化大行，百姓乐其政，流民越江山而归者以万数”（《三国志·魏志·刘馥传》）。邓文在淮南北屯田获得巨大成功，“自是，淮北仓庾相望，寿阳至于京师，农田屯兵连属焉”（《晋书·宣帝纪》）。
郡县所辖广大的个体农民经济，也呈现活跃的景象。在曹魏的辖境内，已从汉末的饥荒中摆脱出来。
由于农村经济的复苏，个体农民经济相应有了迅速的恢复和发展，那种军事编制的民屯组织已不适应生产发展的需要，于是，到了魏末晋初便先后两次宣布取消民屯，全部成为郡县编户农民了。
西晋初期，尚能励精图治，发展农业。《晋书·食货志》称：“是时江南未平，朝廷励精干稼穑”。晋武帝曾一再下诏敦促“省摇务本，并力垦殖”，他深知“使四海之内，弃末返本，竞农务功，能奉宣朕志，令百姓劝事乐业者，其唯郡县长吏乎”，于是，累累下诏敦促郡国守相计吏巡行属县，“敦谕五教，欢务农功”“务尽地利”。地方官中，有很好贯彻这一路线的，如王宏为汲郡太守，“督劝开荒五千余顷”。史称“时谷贱而布帛贵，（武）帝欲立平籴法，用布帛市谷，以为粮储”。可见粮食产量的增加太康元年乎吴之后，六十余年的分裂扰攘局面终于结束，实现了全国的统一。这种统一安定的局面，有利于农业生产的发展，同年颁布了占田、课田令，更进一步调动了农民的生产积极性，于是出现了“太康之治”的繁荣局面。史称“太康之中，天下书同文，车同轨，牛马被野，余粮栖亩，行旅草舍，外闾不闭……故于时有天下无穷人之谚。虽太平未洽，亦足以明吏奉其法，民乐其生，百代之一时也”（干宝《晋纪总论》）。撇开封建史家溢美的成分，太康年间农业的兴旺还是可以的。
但是这种安定、繁荣的局面没有维持多久，便又一次遭到空前的破坏。永熙元年（290），司马炎死后的第二年，爆发了八王之乱，接着又是空前纷扰的十六国之乱，北方农业区再度遭到空前的破坏。史称“及惠帝之后，政教陵夷。至于永嘉，丧乱弥甚。雍州以东，人多饥乏，更相鬻卖，奔迸流移，不可胜数。幽、并、同、冀、秦、雍六州大蝗，草木及牛马毛皆尽。又大疾疫，兼以饥馑，百姓又为寇贼所杀，流尸满河，白骨蔽野”（《晋书·食货志》）。北方农业生产的破坏，从晋惠帝即位之后开始，经八王之乱、永嘉之乱，直至十六国后赵政权建立为止，约三十年间，了无宁日，农业萧条，饥荒频仍，民不聊生，“晋末，天下大乱，生民道尽，或死于干戈，或毙于饥懂，其幸而存者盖十五焉”（《魏书·食货志》）。
十六国北朝时用北方农业的破坏与缓慢发展
十六国北朝的二百八十五年中，北方在政治上经历了由分裂割据到实现南北统一的漫长过程，在农业生产上，也几经由破坏而复兴的曲折历程。
西晋末年的战乱严重地破坏了北方在魏晋八十余年间恢复起来的农业生产，“自永嘉丧乱，百姓流亡，中原萧条，千里无烟，饥寒流陨，相继沟壑”（《晋书·慕容皝载记》）。“羌胡相攻，无月不战，……诸夏纷乱，无复农者”（《晋书·石季龙载记附冉闵载记》）。北部中国又一次陷入“天下饥乱”的境地。破坏最严重的，恰恰是当时主要的农业区。
在十六国时期，北方农业曾出现两个恢复年代。即在石赵政权时和苻秦政权时。永嘉六年（312），石勒根据汉人张宾的建议，定都襄国。建兴元年（313）在他的统治区，“司冀渐宁，人始租赋”（晋书·石勒载记》）。建兴二年（314）“幽冀渐平，始下州郡阅实人户，户货二匹，租二斛”。大兴二年（319）石勒建立后赵，在即位之后，即“遣使循行州郡，劝课农桑”，“均百姓田租之半”。大兴四年（321）“勒以百姓始复业，资储未丰，于是重制禁酿”。太宁二年（324）以右常侍霍皓为功课大夫，与典农使者朱表、典劝都尉陆充等“循行州郡，核定户籍，劝课农桑。”规定“农桑最修者赐爵五大夫”。咸和五年（330），石勒即皇帝位。史称“勒以休瑞并臻，逻方慕义，赦三岁刑以下，均百姓去年逋调”。这种政治上的安定气氛，多少反映了其统治区内农业生产恢复发展的情形。
357年，苻坚自立为前秦天王。他是十六国时期少数民族君主中最重视农业生产的一位，在他统治的二十余年间，前秦境内农业生产有了较大起色，一度几有升平气象。其即位之后即大力改变农桑废业的情况，以“课农桑’为事。第二年即巡视各地，“丐所过田租之半”。下令“开山泽之利，公私共之，偃甲息兵，与境内休息”（《晋书·苻坚载记》）。他即位不过五年，即已收到显著成效，出现了“田畴修辟，帮藏充盈”的景况。中原地区农业又从石赵后期以来的衰败中复苏。苻秦地区社会经济的繁荣与政治的安定，与农业生产的恢复和发展是密不可分的。在此基础上，苻坚得以凭借“国内殷实”的实力，次第打败各割据政权，统一北方，形成与江南的东晋政权南北对峙的局面。
在十六国时期，除了石赵和苻秦的时候曾呈现农业的复苏外，在辽东的鲜卑慕容氏统治区和凉州张氏政权统治区内，农业生产也有一定程度的发展。
鲜卑慕容氏兴起于辽东。元康四年（294），慕容庞迁居于大棘城（辽宁义县西南），“教以农桑，法制同于上国”，开始经营农业。永宁（301）年间，幽州一带发生大水，慕容廆“开仓赈给，幽方获济” （《晋书·慕容鹿载记》），可知农业已有一定的发展。永嘉之乱以后，中原地区陷入一片战乱，政治环境和广阔的土地，吸引着中原地区饱受战乱之苦的人民。这对于这一地区农业的开发无疑起了巨大作用。咸和八年（333）慕容廆死，其子皝继位，继续前代发展农业的政策，“躬巡郡县，劝课农桑”。
在中原地区干戈扰攘之时，西北的凉州地区相对来说也是一个安定的地方。“中州虽乱，此方安全”（《晋书·张轨传》）。于是，避战乱的流民纷纷涌向这里。劳动力的增加和较长期的安定环境，有利于凉州地区的开发，使这一地区出现了刑清国富的局面。
十六国后期，北魏崛起于代北。鲜卑拓跋魏是对北部中国农业发展有贡献的。拓跋族原是游牧民族，在其与汉族人民接触后，逐步转向农业。拓跋珪建国后，加速了由游牧经济向农业经济转变的过程。登国九年（394），他“使东平公元仪屯田于河北五原至桐阳塞外”（《魏书·太祖纪》）。天兴元年（398），平定中山后，“分徙吏民及徒何种人工伎巧十万余家以充京师，各给耕牛，计口授田”（《魏志·食货志》）。同时又于首都平城“制定京邑，东至代郡，西及善无，南极阴馆，北尽参合，为畿年之田，其外四方四维置八部帅以监之，劝课农耕，量校收入，以为殿最”
（《魏书·食货志》）。经过这一番努力，拓跋魏的农业生产已建立了初步基础，“自后比岁大熟，匹中八十余斛”（《魏志·食货志》）。不过，由于战争频繁，“虽频有年，犹未足以久赡矣”，其农业基础还是薄弱的。
到了拓跋焘时，北魏农业有了更大的发展。北魏统治者依靠以农业为主的社会经济的实力，实现了统一北方的大业。当拓跋焘“戎轩四出”“廓定四表”（《魏书·世祖纪》）之时，以其子拓跋晃监国。太平真君年间（440 —451），下令修农职之教，使 “垦田大为增辟”。“此后数年之中，军国用足矣。”这时，拓跋魏已经建立了坚实的农业基础，使几经破坏的北方农业又得以恢复和发展起来。到孝文帝施行均田制、三长制之后，北方的农业生产推到了自汉魏以来的又一个新的高度，呈现欣欣向荣的气象。“自此，公私丰赡，虽时有水旱，不为灾也”（《魏书·食货志》）。
但是，到了北魏后期，农业生产又遭到破坏。“正光（520—525）后，四方多事，加以水旱，国用不足”“百姓怨苦，民不堪命”。及至庄帝之时，“承丧乱之后，仓凛虚罄”。“自永安（孝庄帝年号，528—530）之后，政道陵夷，寇乱实繁，农商失业”。北魏在这种情况下导致分裂，形成东西魏对峙局面。由于东西魏连年战争，“河洛之间，又并空竭”。相继建立的北齐、北周政权，虽然先后颁行了均田制度，农业生产虽有不同程度的起色，但始终没有达到北魏中期的高度。
六朝时期南方农业的发展
从统一的东汉皇朝瓦解之后，江南开始出现独立的政权，从孙吴建国，历东晋和宋、齐、梁、陈，约三百七十年间，除西晋一度统一江南之外，始终存在南北分割和对峙的局面。史称六朝时期。江南地区由于优越的自然条件和相对于北方来说安定的政治环境，农业在这三百七十余年间得到了长足的发展。虽然中间也有波动起伏，但其发展的总趋势是向上的。六朝时期是中国农业发展史上的重要时期，这时江南农业逐步得到开发，其经济地位逐步上升，日益取代黄河流域而成为全国经济的重心。
东汉末年，由于北方发生战乱，人口南移的趋势发展。这不仅使江南劳动力得以增加，同时也将北方先进生产技术带入，这对于江南农业的发展是有重大意义的。孙氏政权的建立既是江南经济发展的结果，同时反过来又有利于江南经济的进一步开发。
永嘉乱后，北方人口比东汉末年以更大的规模向南方迁移，史称“永嘉之乱……幽、冀、青、并、兖五州及徐州之淮北流人相帅过江淮”。据估计，截至刘宋初年，南渡人口已达九十五万，占当时南方人口总数的六分之一。大批劳动力的补充，是南方农业得以加速发展的重要条件。东晋朝廷为了在江南站稳脚跟，巩固偏安政权，对农业生产也不敢放松。在南北劳动人民的共同努力下，江南农业有了迅速的发展，时人已有“今之会稽，昔之关中”（《晋书·诸葛恢传》）的说法，提示了南方经济地位上升的信息。在督课州郡农业的同时，还大力实行屯田，规定“其非宿卫要任，皆宜赴农，使军各自佃作，即以为廪”。太兴二年（319）后军将军应詹上表建议： “江西良田，旷废未久，……宜简流人，兴复农官”，并在寿春“绥集流散”，“专委农功”。规定“诸军自不对敌，皆宜齐课”。（同上）。北部边界的屯田还是有一定成效，如北兖州“有阳平石鳌，田稻丰饶”。桓温平蜀后，将荆州移治江陵。其西部的临沮”道带蛮蜑，田土肥美”，于是立为汶阳郡，“以处流民”（《南齐书·州郡志》）。从东晋建立以来，直到孙恩、卢循起义爆发之前，江南境内可以说基本上没有战争之扰，所谓“自晋氏迁流，迄于太无（晋孝武帝年号，376—396）之世，百许年中，无风尘之警，区域之内，晏如也”（《宋书·武帝纪》）。这种相对安定的环境，使农业生产得以正常进行，对江南农业的进一步开发是有利的。
东晋末年，刘裕注重发展农业，“抑末敦本，务农重积”，从而使东晋末年再度呈现了“天下无事，时和年丰，百姓乐业，谷帛殷阜，几乎家给人足”的局面（《晋书·武帝纪》）。宋文帝继续大力劝课农桑，一再下令“诸州郡，皆令尽勤地利，劝导播殖，蚕桑麻紵，各尽其方，不得但奉行公文而已”（《宋书·文帝纪》）。宋文帝元嘉（424 —453）之世，农业生产取得空前发展，史称“元嘉之治’。沈约评论这一时期的农业经济的繁荣状况称：“自义熙十一年（415）司马休之外奔，至于元嘉末（元嘉三十年，453），三十有九载，兵车勿用，民不外劳，役宽务简，氓庶繁息，至余粮栖亩，户不夜扃，盖东西之极盛也。”（《宋书》卷五四传论）。这种发展势头，到宋孝武帝大明（457—464）年间仍未停止，“自江以南，在所皆穰”，其中尤以荆、扬二州最为突出，史称“荆扬二州，户口半天下”（《宋书·何尚之传》），“江左以东，树根本于扬越，任推毅于荆楚……民户境域，过半于天下”（《宋书》卷六六传论）。荆扬二州地位之重要，成为六朝政权之支柱，这主要决定于其富厚的经济力量，所谓“荆城跨南楚之富，扬部有全吴之沃”（《宋书》卷五四传论）。农业开发最好的地区，当推长江下游的吴会地区。元嘉二十二年，刘溶上书，盛称吴兴郡之富庶：“彼邦奥区，地沃民阜，一岁称稔，则穰被京城，时或水潦，则数郡为灾。”“会土带海傍湖，良畴亦数十万顷，膏腴之地，亩直一金，鄠、杜之间不能比也。”（《宋书·二凶传》）这里的农业生产水平已超过了当时农业最发达的关中平原。晋末宋初这几十年，是六朝时期南方农业生产发展的最高峰，而其生产水平已呈现超越北方的发展势头，这是一个具有历史意义的转变。
除了吴会地区以外，江南其他地方的农业也有长足的发展。南部如湘州，“湘川之奥，民丰土闲”（《南齐书·州郡志》）。梁中大通二年，陈庆之除南北司二州刺史，“江湖诸州（《资治通鉴》胡注“谓洞庭、彭蠡间诸州也”）并得休息，开田六千顷。二年之后，仓廪充实”（《梁书·陈庆之传》）。郢州的序溪（今湖南淑浦），“最为沃壤”，江北如寿春，“地方千余里，有陂田之饶”。雍州“襄阳左右，田土肥良，桑梓野泽，处处而有”（《南齐书·州郡志》）。淮南郡，“姑熟饶旷……良畴美柘，畦畎相望，连字高薨，阡陌如绣” （《陈书·宣帝纪》）。
农业生产的发展，使南方的粮食充盈。在刘宋后期，周朗说，“自淮以北，万匹为市；从江以南，千斛为货”（《宋书·周朗传》）。这反映了粮食市场交易繁盛的情况。同时，南朝政权的粮储也大为充实，国家的仓库，仅首都一地就有龙首仓（即石头津仓），台城年仓，南塘仓，常平仓，东、西太仓，东宫仓等，首都之外的大粮仓有豫章仓、钩矶仓、钱塘仓等，“并是大贮备之处”，此外，国家及诸州郡，各有仓库。
梁朝后期，由于政治腐败，横征暴敛，阶级矛盾尖锐。太清二年（548）的侯景之乱，使各种矛盾更加激化。战乱长达四年之久，对江南社会经济带来极大破坏，成为六朝经济由盛而衰的一个转折点。此后，江南农业也就走上了下坡路。