在进行系统思维的时候，要注意系统内部结构的合理性。系统由各部分组成，没有部分系统也就不会存在。而部分与部分之间组合是否合理，对系统有很大影响。这就是系统中的结构问题。

那么什么样的结构比较好呢？所谓好的结构，是说一个系统内部组成的部分组织得比较合理，是有机的联系。北京大钟寺有一口大钟，造于明氏永乐年间，至今已有接近600年的历史。这口钟音质悦耳，优雅宏亮，节奏明快，声音可传至四五十公里远。但由于过去科学技术不发达，一直未能测出它的结构比例。解放后，才用超声速仪计算出它的重量为46.5吨。大钟的成分为铜80.54%，锡16.4%，铅1.12%和少量其他金属。这个比例被公认为造钟的最佳比例。相反，1733年俄国造的“皇钟”，重193吨，但是由于合金比例及结构的错误，敲第一响就震裂了。

大钟本身也是一个系统，如果组成它的部分结构不合理，就会导致整体的解体。由此可以看出结构合理性的重要。