和另一个或几个兄弟姐妹共用一个子宫并不会影响到宝宝们的DNA，或是增加他们发生基因缺陷的风险，如唐氏综合征。如果你怀的是多胞胎，每个宝宝发生遗传性异常情况的可能性跟单胎宝宝是一样的。但是，因为每个宝宝都有各自发生遗传异常的风险，所以,从总体上来说，你还是会比只怀有一个宝宝面临更高一些出现遗传性异常的风险。
就算宝宝们的染色体没有出现问题，双胞胎或三胞胎在大脑、心脏、膀胱，以及肝脏等方面出现出生缺陷的可能性也会比单胎宝宝多一些。另外，多胞胎也有可能出现脑瘫。最近一项针对一百多万新生儿的研究显示，双胞胎发生脑瘫的几率是单胞胎的4倍。
不过，多胞胎宝宝出现出生缺陷的风险仍然很小。最近一项研究发现，平均每1000对双胞胎中会有35对有出生缺陷，而每1000个单胞胎中，有25个会有出生缺陷。